trimal的使用

之前使用gblocks裁剪比对序列，感觉裁剪的不是很智能，大量可能有用的序列被裁剪掉，所以尝试使用trimal。

1.下载安装

在自己目录下输入

git clone https://github.com/scapella/trimal.git # 安装trimal

导入trimal安装包（如果服务器连不上网也可以在这个网站下载安装包导入服务器）
然后unzip解压安装包之后编译软件

cd trimal/source
make

使用

trimal常用命令如下：

 trimal -in example1 -out output1 -automated1

-in <inputfile>多种格式的输入文件（clustal，fasta，NBRF / PIR，nexus，phylip3.2，phylip）。
-compareset <inputfile>包含要比较的路线的文件的路径输入列表。
-matrix <inpufile>用户定义的相似性矩阵的输入文件（默认为Blosum62）。

-out <outputfile>以相同输入格式输出对齐（默认标准输出）。（默认输入格式）
-htmlout <outputfile>获取trimal在HTML文件中工作的摘要。

-CUSTAL格式的-clustal输出文件
-fasta FASTA格式的输出文件
-nbrf NBRF / PIR格式的输出文件
-nexus NEXUS格式的输出文件
-mega MEGA格式的输出文件
-phylip3.2 PHYLIP3.2格式的输出文件
-phylip PHYLIP / PHYLIP4格式的输出文件

互补获得互补对齐。
-colnumbering获取旧对齐和新对齐中列之间的关系。

-select {n，l，mk}选择要从对齐中删除的列。（请参阅用户指南）。
-gt -gapthreshold <n> 1 - （允许间隙的序列的分数）。
-st -simthreshold <n>允许的最小平均相似度。
-ct -conthreshold <n>允许的最小一致性值。
-cons <n>保留原始路线中位置的最小百分比。

-nogaps删除对齐中有间隙的所有位置。
-noallgaps删除仅由间隙组成的列。

-gappyout在“gappyout”模式下使用自动选择。该方法仅使用基于间隙分布的信息。（请参阅用户指南）。
-strict在“严格”模式下使用自动选择。（请参阅用户指南）。
-strictplus在“strictplus”模式下使用自动选择。（请参阅用户指南）。

-automated1使用基于相似性统计的自动方法的启发式选择。（请参阅用户指南）。

-resoverlap位置与列中其他位置的最小重叠被视为“好位置”。（请参阅用户指南）。
-seqoverlap序列必须具有的“良好位置”的最小百分比才能被保存。（请参阅用户指南）。

-w <n>（一半）窗口大小，位置i的得分是窗口（i-n）到（i + n）的平均值。
-gw <n>（half）窗口大小仅适用于基于Gaps的统计/方法。
-sw <n>（half）窗口大小仅适用于基于相似性的统计/方法。
-cw <n>（half）窗口大小仅适用于基于Consistency的统计信息/方法。

-sgc打印输入对齐中列的间隙百分比计数。
-sgt打印累积的间隙百分比计数。
-scc输入对齐中列的保留值。
-sct打印累计保护值计数。
-sfc从比较文件方法打印所选对齐中列的比较值。
-sft从比较文件方法打印所选对齐的累计比较值计数