Nature子刊高分DIA文章解读，助你找到科研新思路

前言

PCT-SWATH:高压循环-卫星扫描质谱技术

PCT技术(Pressure Cycling Technology)，在由程序设定的超高压和标准大气压之间的循环能够诱导基质和蛋白质的溶解，促进和加速蛋白质水解，可用于蛋白质组样品的制备。对于临床样本，PCT也可以灭活潜在的污染传染性微生物，能够在最大程度上还原样本的原始状态。

SWATH技术(Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragmentions), 指的是在质谱过程中连续采集每个窗口中母离子及其碎裂离子，等同于DIA （ Data-Independent Acquisition ）：一种新的数据非依赖型的质谱数据采集方式，采用MS/MS二级定量，可以对传统蛋白质组学研究的相关样本进行更准确的定性和定量分析；并能将生物样本中蛋白质信息转化为数字文本的形式，从而实现蛋白信息的永久保留。

PCT-SWATH技术结合了循环压力技术（PCT）质谱连续窗口分段式扫描技术（SWATH），可以实现对质谱产生的海量蛋白数据进行反复分析，相互比较和数据挖掘，从而来发现和量化特异的蛋白表达情况，并最终获得一些疾病变化的标志物或者探寻某些疾病发生背后的相关分子机理。

将组织活检样品快速质谱转换为永久定量数字蛋白质组图谱

基本信息

材料：组织活检样品

主要技术：PCT-SWATH

期刊：Nat. Med. 

影响因子：32.621

文章摘要

本质上，每个临床样本都是独特、珍贵，并且不可复制的。像组织切片那样的小样本，常常会被有限的几个分析项目所瓜分。我们这里提出了一个方法，可以快速稳定地将组织样本（约切片大小）转化为一份数据文档，永久地存贮这个样本经质谱分析得到的蛋白质组结果。这个方法结合了循环压力技术（PCT）质谱连续窗口分段式扫描技术（SWATH）。我们可以在电脑中反复对产生的海量蛋白谱图进行分析，相互比较和数据挖掘来发现和量化特异的蛋白表达情况。在这片文章中，我们用这个方法将来自9个肾癌病人的18个组织切片分别转化为SWATH-MS多肽离子碎片谱图，并从这些谱图中对2000个蛋白样本进行定性和定量分析。 我们发现肾组织切片的蛋白质组测序结果具有很好的可重复性，而且能完全将肾癌病人和健康人，以及不同组织形态的肾癌亚型区分开来。

方法流程

小鹿点评

PCT技术是一种基于循环超高压的快速破碎微量样品的技术，具有速度快、损失少、操作简便、保真度高等特点，结合SWATH（DIA模式）的全范围扫描技术，特别适合大队列（几十上百甚至上千个样品）、少量样品（比如组织活检样品）蛋白组批量分析。文章采用PCT-SWATH技术进行肾癌样品的批量分析，不仅能区分健康组织和肿瘤组织，还能实现对癌症的分子分型，进一步的，该方法还可以应用于药物功能分析、突变功能分析等多个研究领域，是从蛋白组层面进行大队列分析的理想方法。

文献来源

Guo T. et al., Rapid mass spectrometric conversion of tissue biopsy samples into permanent quantitative digital proteome maps. 2015, Nat Med.