R语言 画生存曲线图做生存分析
菜鸟终于做到生存分析了。
首先准备好你的数据,数据最重要的两大要点:1要有生存时间time2要有事件的状态 截尾or死亡
看一下我准备的数据
head(d)
ID time status group
426 683 2.62 1 ABC
427 689 2.29 1 ABC
428 704 4.10 1 ABC
429 759 6.55 2 ABC
430 787 5.29 1 ABC
431 793 4.77 1 ABC
status里面1代表截尾数据,2代表死亡
group是我的数据的分组类型。
########加载这几个做生存分析需要用到的包
library(survival)
library(dplyr)
library(survminer)
加载我的数据
d <- lung[426:1050,]
View(d)
head(d)
ID time status group
426 683 2.62 1 ABC
427 689 2.29 1 ABC
428 704 4.10 1 ABC
429 759 6.55 2 ABC
430 787 5.29 1 ABC
431 793 4.77 1 ABC
创建生存模型
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ group, data = d)#time对应生存时间,status就是事件的状态拉,~group就是分组,如果你用性别来分组,就把你的性别那一列的列名换掉我的“group”,data就是你的数据名
画图
ggsurvplot(fit)#最简单的方式,所有参数用默认值
image.png
ggsurvplot(fit, pval = TRUE)#显示P值

ggsurvplot(fit, pval = TRUE,
conf.int = T,
conf.int.style="ribbon",
conf.int.alpha=0.1)#显示置信区间

还有各种参数可以修改使你的图更好看更完美,展示的内容更丰富,等你学会以上基本的操作,可以查看帮助文件学习这个R包去修改你的图形

本菜鸟刚开始做,更丰富的生存分析待我学成归来....