学习小组Day 5笔记——懒懒

2020-04-11 本文已影响0人超懒的懒懒

1. 拿小本本记下的

（1）R的赋值符号 <-
（2）在控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码是带括号的，括号必须是英文。
（4）显示工作路径 getwd()
（5）向量由元素组成，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中叫数据框
（7）复制代码时，要理解其中的命令、函数的意思。

函数或者命令不会用时

除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table
调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下~

（8）数据类型

向量（vector）* * *

矩阵（Matrix）

数组（Array）

数据框（Data frame）* * *

List
生信学习者最需要熟悉的是向量和数据框。

2. 向量

1. 标量和向量的区分

来源：生信星球
元素：指数字或者字符串（用chr表示）等
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量
（一个向量是一排有序排列的元素）

使用时会给变量定义（赋值）

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x

(每行下输入x是查看他)
这样的：

> x <- seq(1,10,by = 0.5)
> x
 [1]  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0
 [8]  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5
[15]  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
> x <-  rep(1:3,times = 2)
> x
[1] 1 2 3 1 2 3

查看变量
输入命令View(x) x是变量，View大写！！！
——这里x被赋值四次，所以最后一次才是结果

查看赋值的变量

2. 从向量中提取元素
（1）根据元素位置

来源：生信星球

> x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
> x
[1] 1 2 3 1 2 3
> x[4]
[1] 1
> x[-4]
[1] 1 2 3 2 3
> x[2:4]
[1] 2 3 1
> x[-(2:4)]
[1] 1 2 3
> x[c(1,5)]
[1] 1 2

（2）根据值

来源：生信星球

> x[x==10]
integer(0)
> x[x<0]
integer(0)
> x[x%in%c(1,2,5)] #打不打空格好像都可以
[1] 1 2 1 2
> x[x %in% c(1,2,5)]
[1] 1 2 1 2

3. 数据框

把本地数据放在工作目录下！！
获得示例数据框：x <- read.csv('doudou.txt')

具体操作

1. 读取本地数据
输入命令

> read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
> a <- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)

例如：

> read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA
> a <- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T) #a赋值，两种方式一样
> a
  X1 X2
1  A  1
2  B NA
3  C NA
4  D  3
5  E NA

a赋值，两种方式一样
理解参数sep,header，用帮助文档?read.table ``

2. 设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

大小写严格区分

3. 数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）

导出成功

4. 变量的保存与重新加载
没有处理完的数据下次接着用——学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

5. 提取元素

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

> a[1,2]
[1] 1
> a[1,]
  X1 X2
1  A  1
> a[,2]
[1]  1 NA NA  3 NA
> a[2]
  X2
1  1
2 NA
3 NA
4  3
5 NA
> a[1:1]
  X1
1  A
2  B
3  C
4  D
5  E
> a[c(2,2)]
  X2 X2.1
1  1    1
2 NA   NA
3 NA   NA
4  3    3
5 NA   NA
> a$X2
[1]  1 NA NA  3 NA

示范数据

4. 选修. 直接使用数据框中的变量

1.提取某两列做散点图

a <-data.frame(case=paste("S",1:50),values=runif(50))  #1:50（1到50所有整数） runif(这里是生成0~1之间的随机数)
plot(a$case,a$values)  #绘图

case和values是列名，是用以上命令随便画的一个图

高效法1 attach()

attach(a) #将数据框名a添加到搜索环境中
plot(case,values) #直接输入列名，无需$

完成后将a删除搜索环境 detach(a)
两个以上数据框列名冲突，attach报错

读取本地数据为例

高效法2 with

with(a,{
 plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
})
x #运行完后打印x

一篇很好的解释~with(), within() 和 transform()的简单比较

5. 思考题

save(X,file="test.RData") ,这句代码如果报错X not found，是为什么，应该怎么解决？
1、检查是否因为大小写带来的错误
2、对X重新进行赋值即可