54 - 考虑BOA的GP
2022-11-04 本文已影响0人
Hello育种
来自Gentore培训（奥胡斯大学，Emre Karaman,2022/6/29）
目的：对杂交动物做GP
目录
image.png
1 基因组估计
前基因组世代：
image.png
传统育种选择取得了成功：
image.png
Meuwissen等提出GS（贝叶斯法）
image.png
预测的准确性
在同一个品种内：
image.png
GP准确性会变化
image.png
QTL model
image.png
SNP model
image.png
SNP与QTL的关系
image.png
连锁不平衡-LD
image.png
Ne在同品种中不同
image.png
所以根据上述的公式，SNP与QTL的关系在各品种中不同
image.png
重组率也不相同
image.png
不同猪群体的LD
image.png
不同猪群体的Marker效应也不同
image.png
QTL的效应应该也不太相同
image.png
2 统计品种不同的算法
使用HD 数据，但是WGS提升效果不明显
image.png
应选出WGS的SNP，提升效果也不大
image.png
不同品种联合分析，需要品种的QTL一样，提升不大
image.png
多性状模型
image.png
结果
image.png
杂交动物数据，最简单考虑品种杂交比例在单性状模型中
image.png
例子
image.png
杂家品种数据处理
image.png
小结
image.png
