2021.10.06-10.9 VDJtools学习笔记
>>准备工作
- 先下载java，配置java，下载VDJtools
- 在命令提示符中输入java -jar C:\Users\Administrator.DESKTOP-4UQ3Q0K\Downloads\vdjtools-1.2.1\vdjtools-1.2.1\vdjtools.jar 运行VDJtools
- 安装R包
install.packages(c("circlize", "grid", "gridExtra", "VennDiagram"))
java -jar vdjtools.jar Rinstall
install.packages(c("reshape2", "FField", "reshape", "gplots",
"gridExtra", "circlize", "ggplot2", "grid",
"VennDiagram", "ape", "MASS", "plotrix",
"RColorBrewer", "scales"))
-
切换工作路径在命令提示符中输入
cd C:\Users\Administrator.DESKTOP-4UQ3Q0K\Downloads\vdjtools-1.2.1\vdjtools-1.2.1， 切换工作路径到vdjtools-1.2.1这个文件夹，再输入java -jar vdjtools-1.2.1.jar VDJtools V1.2.1
>>传入数据
- 此文基于windows系统的尝试
- 把输入数据拷贝到现在的工作路径中，或者，输入文本前添加文件路径
- 命令行写入 java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix
错误示范：不能用$VDJTOOLS，是Linux的写法，也删掉[option]，
>>开始分析
一、Basic analysis
（1）CalcBasicStats
会有TCR的注释
-
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcBasicStats 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix
output_prefix.basicstats
（2）CalcSegmentUsage
-
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcSegmentUsage -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt output_prefix
output_prefix.segments.wt.V
output_prefix.segments.wt.J
（3）CalcSpectratype
-
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcSpectratype 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt output_prefix
产生文本
其中第二个
（4）PlotFancySpectratype
-
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotFancySpectratype 5.clonotypes.TRA.txt output_prefix
output_prefix.fancyspectra
（5）PlotFancyVJUsage
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotFancyVJUsage 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix-
出现未解决的问题：
（5）PlotSpectratypeV
-
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotSpectratypeV 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix
output_prefix.spectraV.wt
二、Diversity estimation
（1）Diversity estimation
-
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar PlotQuantileStats 3.clonotypes.TRA.txt output_prefix
output_prefix.qstat
（2）RarefactionPlot
-
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar RarefactionPlot 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt output_prefix
output_prefix.rarefaction.strict
（3）CalcDiversityStats
Command line usage
java -Xmx4G -jar vdjtools.jar CalcDiversityStats \ [options] [sample1.txt sample2.txt ... if -m is not specified] output_prefix
三、Repertoire overlap analysis
（1）OverlapPair
①表格输出
输出表
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix- 数据一定要在vdjtools的文件夹下
工作路径下产生3个txt
同时产生如下提示，忽略
②图形输出
-
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt output_prefix -
注意，查看OverlapPair帮助提示的命令：
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair
OverlapPair帮助指示
在中间添加“-p”表示画图
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar OverlapPair -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt output_prefix -
如下报错代表Rscript没有安装成功，若已有R，说明没有配置环境变量
报错
R环境变量配置方法
配置完后重启电脑，在命令提示符中输入R，测试是否成功。
成功
配置完后重启电脑，在命令提示符中输入R，测试是否成功。
再次回到之前的工作路径中，输入产生图形的命令：
会产生的两个PDF文件
output_prefix.paired.strict.table.collapsed
output_prefix.strict.paired.scatter
（2）CalcPairwiseDistances
这样不算报错
- 一定要传入两个以上的数据
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar CalcPairwiseDistances -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt 6.clonotypes.TRA.txt 7.clonotypes.TRA.txt 8.clonotypes.TRA.txt 3B.clonotypes.TRB.txt 4B.clonotypes.TRB.txt 5B.clonotypes.TRB.txt 6B.clonotypes.TRB.txt 7B.clonotypes.TRB.txt 8B.clonotypes.TRB.txt output_prefix
会产生 “output_prefix.intersect.batch.aa.txt” 和 “output_prefix.intersect.batch.aa.pdf”
CalcPairwiseDistances.pdf
-
在命令行直接输入R，会切换到R命令行
R命令行
（3）ClusterSamples
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar ClusterSamples -p output_prefix input_prefix
输入文件前缀 设置为与CalcPairwise 差异的输出前缀相同的值
产生表：会产生一个“input_prefix.mds.aa.F”文本文件、一个“file_out_clust”（newick）文件
产生图形（PDF）：input_prefix.hc.aa.F 和 input_prefix.mds.aa.F
input_prefix.hc.aa.F
input_prefix.mds.aa.F
此处有存疑，待未来尝试解决：
一、
官方作出的图如下：
hc
命令行里也没有报错
没有报错
用notepad++打开vdjtools文件夹下的cluster_samples.r，是刚才运行R脚本，是vdjtools自动生成的，在命令行里打开R，把加箭头的两行粘贴到R命令行里
如下反馈，并不是不缺少作图包
反馈
二、
input_prefix.mds.aa.F的图里没有加颜色，有可能是vdjtools没有让它画颜色。
ClusterSamples时输入的命令
老师给的解释摘记如下，待以后用其他数据再尝试。
应该有个color_by_factor，受到某个输入参数的影响。但为何vdjtools给这个参数安排为0，恐怕后面有机会再去深究。
1、可能是这组数据没有去分组。
2、这组数据里，TCR之间真的没有交集，以至于vdjtools算不出相似度。
3、部分数据没有overlap的clone。
（4）TestClusters
Command line usage：
$VDJTOOLS TestClusters
[options] input_prefix [output_prefix]
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar TestClusters input_prefix input_prefix
- 后一个“input_prefix”是上一个文件产生的文件名，留言报错内容，无需“-p”，没有表输出。
-
产生pdf：input_prefix.perms.aa.F
TestClusters
（5）TrackClonotypes
java -jar ./vdjtools-1.2.1.jar TrackClonotypes -p 3.clonotypes.TRA.txt 4.clonotypes.TRA.txt 5.clonotypes.TRA.txt output_prefix
会产生的文件
output_prefix.tracking.strict.summary
output_prefix.tracking.strict.stackplot
output_prefix.tracking.strict.heatplot
