CIRCpedia:环状RNA数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

CIRCpedia是一个综合性的环状RNA数据库，采用CIRCexplorer软件分析了来自6个物种约180多个样本的转录组数据，识别到了262782个环状RNA,网址如下

http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

各个物种环状RNA的数据量汇总如下

表格数据对应的环形图示意如下

可以看到，绝大部分还是人和小鼠的环状RNA,对于这两个物种的环状RNA,提供了保守性分析的结果。通过官网的4大功能，我们可以方便的探究不同物种的环状RNA数据，分析在不同组织和样本中的表达量信息。

1. Search

可以通过物种，细胞系，基因名称或者基因组位置，circpedia中的环状RNA ID进行检索，检索框示意如下

检索结果示意如下

给出了环状RNA ID,来源基因，对应的线性转录本，表达量，外显子的起始和终止位置，细胞系，保守性等信息。

2. Browse

通过JBowse基因组浏览器查看相关数据，示意如下

3. Download

可以方便的下载数据库中的信息，示意如下

4. Tool

可以用热图或者散点图的形式展现环状RNA在不同组织或者细胞系中的表达量，示意如下

第一步输入环状RNA ID, 第二步选择物种，第三步选择细胞系，可以多选，第四步选择图表类型，然后点击Draw按钮，在右边的面板会显示对应的结果。

通过该数据库的在线工具，可以方便的探究不同物种的环状RNA和不同细胞系中环状RNA的表达量。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！