fastq-dump从SRA文件中提取fastq文件

fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令，用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下：

Usage:
  fastq-dump [options] <path> [<path>...]
  fastq-dump [options] <accession>
Use option --help for more information

一. 拆解一个sra文件

cd ~/Seqs
fastq-dump --split-files SRR6232298.sra

• SRR6232298.sra是一个PE测序结果，所以，需要--split-files参数可以将其分解为两个fastq文件。
• 如果不加该参数，则只有1个fastq文件（包含了两端测序的结果）

二.批量拆解sra文件

1. 新建脚本文件

nano fqdump.sh

2. 输入以下脚本

#!/bin/sh
for i in *sra
do
echo $i
fastq-dump --gzip --split-files $i
done

Ctrl+O; Ctrl+X保存退出。
**这里--gzip参数是为了生成压缩的gz格式fastq文件，以节省磁盘空间

3. 运行脚本

sh fqdump.sh

image.png

详细说明请参加官方Documentation
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=fastq-dump
以及hiptop的简书文章：
https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c