甲基化相关技术介绍

一个背景
哺乳动物基因组CpG位点通常集中在称为CpG岛（CpG island，CGI）的区域中，并且已知人基因启动子约60％含有CpG岛。CpG岛上下游不超过2000个碱基对（2kb）的基因组区域称为CpG“岛岸”（shores），其中CpG shelves指位于CpG shores 上下游2kb以内的区域，open sea指CpG islands、CpG shores和CpG shelves之外的其他区域。这4种情况形成了CpG resort，CpG位点的密度从island到open sea递减。

3个技术
主要是甲基化测序的 WGBS和RRBS，还有芯片：

全基因组DNA甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是 DNA 甲基化研究的金标准，它通过 Bisulfite 处理和全基因组 DNA 测序结合的方式，对整个基因组上的甲基化情况进行分析，具有单碱基分辨率，可精确评估单个 C 碱基的甲基化水平，构建全基因组精细甲基化图谱，数据量非常大。

简化甲基化测序 (Reduced representation bisulfite sequencing, RRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，通过酶切 (Msp I) 富集启动子及CpG岛区域，并进行Bisulfite测序，同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。作为一种高性价比的甲基化研究方法，简化甲基化测序在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

Illumina的Infinium BeadChip芯片，包括HumanMethyation450（450K）和MethylationEPIC（850K）。Infinium芯片存在染料偏差、不同探针化学和位置效应的问题，已知这些问题会影响结果，必须在数据处理过程中进行校正。Infinium 450K探针交叉反应和模糊比对到人类基因组中的多个位置影响了485,000个探测器中的约140,000个探针（29％），将可用探针的数量减少到约345,000个。这个问题在新发布850K仍然存在，其包括> 90％的450K探针。

有文章比较这3个技术：Empirical comparison of reduced representation bisulfite sequencing and Infinium BeadChip reproducibility and coverage of DNA methylation in humans

主要是分析 差异甲基化区域（DMRs）与 DMR 相关差异表达基因