TBtools | 在 Motifs 上标记 Domains 的

写在前面

最近在做一些序列分析，发现很久以前的一个看起来或许没啥用的功能，其实还是有用。大体就是，当我们在分析某个家族成员的时候，我们或许想知道，到底感兴趣的分支，相对于其他分支，有什么不同。
当然，我们完全可以做 Motifs 分析，是的。

关于 Motifs 分析

我相信，对 TBtools 有简单了解的人来说，应该知道，MEME suite，以及如何获得对应的 meme.xml 或者 mast.xml，再加上进化树，就可以非常简单地在 TBtools 上绘制如下，

是的，多少，我们可以看到比如最上面的一个分支，中间多了某一个元件。但这个的信息量还是有限。到底这个多了的元件，是否是已知的？是否有对应了什么功能？
而 Motifs 分析，很多时候，是纯粹的序列相似性分析，从未知到未知。如果我们想要知道这个 Motifs 是否对应的某些已知功能的区域。那么我们会尝试 Domain 分析。
那么如果我们想知道 Motifs 和 Domains 的 Overlap 关系，就需要把他们画在一起。
于是，我做了一点优化。

在 Motifs 上覆盖一层 Domains 外框

我们只需要按照以前的 BioSequence 的输入模式输入即可

于是可以得到

简答来说，我们可以对 Motifs 进行更深层次的分析。
当然，这个家族或许不太具备代表性。对于一些某个分支有独有 Motifs （且未知）的家族来说，可能用处更大

写在最后

比较简单，不做赘述。