conda软件安装
2018-10-21 本文已影响59人
看远方的星
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apt-get 应用商城需要root权限。
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conda软件安装管理器（无需root）
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() ：运行括号内的命令。
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wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh
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conda内的相关指令：
2018-10-24_212532.png
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用conda 安装软件(bwa)：
2018-10-24_215616.png
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安装完软件要用指令激活，否则软件(bwa)用不了。
2018-10-24_221530.png
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激活步骤：source activate rna(rna中包含了bwa,故source activate rna 而不是bwa)：
2018-10-24_221723.png
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用conda安装软件，先查找conda里有没有，有再下载：
2018-10-24_222726.png
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用conda下载trimmomatic(含于rna,之前已激活rna,故无需再激活，便可使用）:
2018-10-24_223242.png
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用conda下载cutadapt(含于rna,之前已激活rna,故无需再激活，便可使用）:
2018-10-24_224054.png
生物信息学的软件：
质控: 需要fastqc及multiqc trimmomatic, cutadapt,trim-galore
比对： star ，hisat2, bowtie2,tophat, bwa,subread
计数：htseq,bedtools, deeptools
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用conda下载trim-galore（-y 就是表示yes) ：
2018-10-25_222410.png
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使用conda 同时安装hisat2, bowtie2 ：
2018-10-25_222919.png
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用conda 同时安装其他软件：
2018-10-25_223752.png
2018-10-25_224851.png
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