外泌体多组学11-血浆中胞外囊泡miRNA有效数据

血液中循环的细胞外囊泡被描述为癌症生物标志物的宝库

文章信息

• 文献标题：Plasma extracellular RNA profiles in healthy and cancer patients
• Doi：10.18632/oncotarget.8124
• 发表时间：20 January 2016 Scientific Reports
• 通讯作者：LiangWang 威斯康星医学院病理学和MCW癌症中心学系

数据情况

来自192个样本的血浆细胞外囊泡：50 healthy individuals and 142 cancer patients

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RNA-seq data distribution

我们首先评估了192个RNA-seq文库的reads唯一比对率、RNA插入片段大小分布和测序深度，数据保存在GSE71008

每个样本平均约12.5 M raw reads (4 -16 M) (Fig. 1A)，唯一比对率为30–65%，包括 miRNAs (~40.4%), piwiRNAs (~40.0%), pseudo-genes (~3.7%), lncRNAs (~2.4%), tRNAs (~2.1%), and mRNAs (~2.1%)

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对于比对上的RNA，查看RNA插入片段大小，发现大多数插入片段长度在20-40nt之间，其中有两个峰值21nt对应miRNA，29nt对应piwiRNAs

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为了确定测序深度(原始测序数据量)是否对sRNA检测个数有影响，我们绘制了raw read 数与sRNA鉴定个数之间的关系。在测序数据量达到10M左右，miRNA鉴定个数水平趋近平稳 (Fig. 1C)，piwiRNAs鉴定个数在数据达到15M是还依然显著增加(Fig. 1D)。

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本文查看的指标有：uniquely mapped reads, size distribution of RNA inserts, and depth of sequencing，测序raw reads与sRNA检测个数曲线(数据饱和度评估曲线)。有提供原始fq：GSE71008。