展示基因家族的结构域

motif与domain

motif（模体）是蛋白中较小的保守序列片段，概念比domain小。
PROSITE是专门搜索蛋白motif的数据库，其中signature seqs是最重要的motif信息。

domain（结构域）是在较大的蛋白质分子中形成的某些在空间上可以辨别的结构，若干motif可以形成一个domain。
Pfam可以搜索某段序列中的domain，并以图形化表示出来。用法：在搜索栏输入蛋白的swissprot的序列号。

展示基因家族的结构域

1. MEME适合挖掘motif，不适合展示基因家族的结构域
   MEME以motif为单位，在序列中，往往一个结构与会包含一个以上的motif。
2. NCBI CDD数据库，鉴定基因保守结构域
   NCBI conserved domain database(CDD),是收录大量NCBI官方矫正过的结构域模型，同时也提供一部分结构域的3D结构和功能说明。一般做基因家族，或者基因结构域鉴定的时候会用到。
3. 批量化绘制一个基因家族的结构域图片
   1）序列下载：http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/download_seq.php?sp=Ath&fam=ARF
   2）提交到NCBI的CDD batch search：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi
   3）下载结果
   4）使用TBtools可视化Batch-CDD结果
   Others->Redraw Motif Pattern (from NCBI Batch-CDD)

来自：生信札记