Matlab-常用清洗数据命令
- 添加路径+加载数据
addpath()
load("XXX.mat")
- 数据转置
df = df'
- 判断矩阵中全是0的行或列
na=all(isnan(df),2);
z=find(na==1);
all: 当所有元素为0时返回TRUE
- 去掉矩阵某几个对象
df(z,:)=[]
- 临近填补
df=knnimpute(df);
- 格式转换
num2cell %将double转成cell
cell2mat %将cell转成double
string %将cell转成string
str2double %将string转成double
cellstr %将string 转成cell
- 查询某一个元素是否在某一列里面
strcmp(A, B) %查询B是否在A里
- 查找 (R里面的which)
find(target_met==1)
9 查找 方法2
当C完全是A的子集时，能出C能调出B来
map_1 = containers.Map(A,B);
Metab_name = values(map_1,C);
- 合并矩阵 （相当于R中的cbind, rbind）
cat(1, n, meta) %1是按照行合并
- 创建一组重复数据
repmat(6,1,213)
1列，213行，每个数字都是6
- 输出图像
set(gif, "Position", [100 100 700 10000])
print(gif, "-dtiff", "heatmap.png", "-r600")
12.对数据进行Z矫正（对列矫正）
data=zscore(data)
- 同一张图输出多个图像
subplot(3,1,1) %一列，3行，第一个图像
subplot(3,1,2) %一列，3行，第二个图像
- 在图像上继续加元素
hold on
加完了 hold off
- 制作矩阵（全是0）用于循环的填充
data = zeros(a,b)
a,b 为行和列
- 查找矩阵有多少行多少列
size(data,1) #多少行
- 查找每列有多少个缺失值
[row,col] = find(isnan(data_mean)==1);
frequency = tabulate(col);
nonan_Meta_Index = find(frequency(:,2)==0);
- 创建路径
mkdir('result/WTob')
- 创建存储cell的对象
All_data = cell(6,1); %6行1列
- 一张图像上画多个图
subplot(7,1,i) %7行1列第I个
- 输出图像比例
pbaspect([1, 1, 1])
- 字符串连接
strcat(a,b)
- 画图参数
xticks([1:10])
xticklabels(Samplename);
xtickangle(45);
xlabel("log2(Fold change)");
- 新建文件夹
mkdir('result/1')
- 加载数据
load()
-
不等于
~= -
柱状图
histogram(zero_fc,'BinWidth',0.2,'FaceColor','#0072BD')
- 画虚线
plot([1,1],[0,2500],'--k','LineWidth',1)
- 散点图
plot(DEGs_red(:,1),-log10(DEGs_red(:,2)),'.','Color',"r")
30 读取CSV
data_bio = readtable('EC.csv');
data_bio = table2cell(data_bio);
