学习小组Day3笔记-Resolution
2018-10-10 本文已影响6人
ResolutionCC
Day3 Linux环境下的软件安装大纲.png
linux如何安装软件？
- 第一步：简单了解conda--“linux版App Store”
- 第二步：下载conda的精华版--miniconda
- 第三步：安装和配置miniconda
- 使用miniconda
- 第五步：定制conda的分身（我目前还没理解到
生信星球指南重现
准备工作
- 安装压缩软件bzip2：
yum install -y bzip2
1.png
- 安装miniconda
- 在指定文件夹安装：（小技巧：cd b+Tab）
cd biosoft
- 指定安装链接：
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 安装：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 激活：
source ~/.bashrc
- 添加国内镜像:
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
（注意有坑：putty配置时，一定要显示配置过程，谨防断网未配置起镜像）
使用conda--安装fastqc
- 查看当前所有软件列表
conda list
- 搜索软件
conda search fastqc
- 安装软件
conda install fastqc -y
- 卸载软件
conda remove fastqc -y
今日选修
- 查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
- 建立一个名叫rnaseq的conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 再次查看我们的conda环境
conda info --envs
- 激活新的conda环境
source activate rna-seq
- 卸载一个环境中的软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
