82.《Bioinformatics Data Skills》之
2021-12-20 本文已影响0人
DataScience
上节我们采用SELECT直接进行列信息提取，实际上可以在提取的同时创建与命名新的列。
以一个例子说明：
sqlite> SELECT lower(trait) AS trait,
...> "chr" || chrom || ":" || position AS region
...> FROM gwascat LIMIT 5;
trait region
-------------------- --------------
asthma and hay fever chr6:32658824
asthma and hay fever chr4:38798089
asthma and hay fever chr5:111131801
asthma and hay fever chr2:102350089
asthma and hay fever chr17:39966427
其中第一句将trait列转为小写并命名为相同的名字trait；第二列通过||串连字符，创建“chr6:32658824”格式的输出并命名为region。
当某列信息存在NULL时，可以转为NA值，方便下游工具（如R）分析：
sqlite> SELECT ifnull(chrom, "NA") AS chrom , ifnull(position, "NA") AS position, strongest_risk_snp FROM gwascat WHERE strongest_risk_snp == "rs429358";
chrom position strongest_risk_snp
----- -------- ------------------
19 44908684 rs429358
19 44908684 rs429358
NA NA rs429358
以上内容仅是皮毛作为例子，其它常用的SQLite函数包括：
SQLite 常用函数
SQLite 常用函数
