NCBI主页进入提交界面

图片.png

附上提交界面网址：
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/
细胞器提交官方指导
Submitting Mitochondrial and Chloroplast Genomes to GenBank (nih.gov)

选择基因组以及细胞器基因

图片.png

登录以后正式进入提交流程，前四个提交都不是线粒体基因相关的，所以只能选第五个。

当然提交需要你有一个账号，注册登录略过。
注册提交qq邮箱是不行的。

图片.png

第一部分：联系方式

姓名，机构地址以及相关信息，电话+86（中国）
邮箱会有两个，会有一个Alternative Email，写不同的比较好，可以保证你一个邮箱出问题还有一个可以接收邮件。

1.png

第二部分：参考信息

第一个部分是序列作者
第二部分是文献引用，以及文献的作者，咱上传序列不是就为了发文章用嘛，写上这个文章就行。

2.png

第三部分：测序技术

根据自己实际情况选择就可以。测序方式，是否组装成序列，是的话还要写上用的什么软件组装。

3.png

第四部分：核酸序列信息

最上面的是写数据释放时期，可以选择立即释放，如果选择延后释放的话，那就至少六个月以后。
下面就是分子数据类型，拓扑结构（线性，成环），是否是完整序列。然后上传序列信息就可以，上传文件和粘贴序列二选一就可以。

4.png

线粒体这块看选项，咱们也只能选第一个基因组DNA

4-1png.png

第五部分生物信息

这块建议写大家都先定到种再上传，这样这块就可以写上物种名（属名加种名）。如果没有定种，那写sp.也是可以的。

5.png

第六部分：提交类别

这里就两种类型一个就是自己数据自己组装序列，另一个就是使用第三方数据，你组装上传的序列。

6.png

第七部分：修饰部分内容

这块不知道咋说了，除了上面写一下细胞器或者序列定位。剩下的都是添加一些零碎信息，坐标，海拔，收集时间，收集人，这些东西。自由发挥。

7-1.png 7.png

第八部分：序列特征注释

这部分我觉得是重头戏，线粒体基因序列的基因注释信息太重要了呀，没有这个就不知那一块是啥基因，这样后人使用就会很麻烦。
分为两个注释方式，

• 第一个是五列要素表文件上传
• 第二个是填写输入

我是一般都是用第一个方式，下图就是第二个方式的展示，37个基因一个一个填写我觉得效率太低了。

8-1.png

使用五列要素表如图下，记得选择文件以后要点一下2.Upload File，这是上传。（后面我会单独说一下五列要素表的格式）

8-2.png

上传以后NCBI会检查一下你上传的是否有问题，有问题的地方会警告。
底下接着是所有的注释特征可编辑。最底下是预览的gbk格式。

9.png

第九部分：回顾

再确认一遍邮箱我觉得就可以完成提交。
其余都是具体情况再调整的。

10.png

最后完成提交，收工。

11.png

附加内容：五列要素表的格式

Feature Table File
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/html/help/feature-table.html

五列要素表我第一次接触是在mitoz的结果文件中有一个*.tbl文件，所以我后面使用时候也都这么写后缀，虽然不知是不是这个后缀。
格式要求：

• 第一行：
  注意这个Sequence_ID 要求跟你上传核酸序列信息的Sequence_ID 一样要匹配的，因为可以批量上传序列和注释信息，所以要一一对应。

>Feature Sequence_ID 

• 后续行添加特征

• 每个特征显示在单独的一行上。
• 一个特征的多个要素位于后续行中。
• 描述特征的限定符位于该特征及其间隔下方的行上。
• 每列由一个Tab键分隔。

1.五列说明：

[起始位置]  [Tab]  [终止位置]  [Tab]  [特征]
[Tab]      [Tab]  [Tab]      [特征]  [特征值] 

2.跟gbk一样每一个基因都应该有两个特征一个是gene；另一个是tRNA，rRNA，CDS。

2482    2551    gene
            gene    trnI(gau)
2482    2551    tRNA
            product tRNA-Ile

3.负链上基因特征起始和终止位置要跟gbk反过来，因为这里面没有complement（）可以用，所以反向那就把起始和终止位置写成实际位置，系统自动读取为负链

10428    8683    gene
            gene    ND5
10428    8683    CDS
            product NADH dehydrogenase subunit 5
            transl_table    5
            note    TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA

4.tRNA，rRNA，CDS都要有product
CDS还要有transl_table
特殊需要注释的使用note

>Feature Dba-02
2482    2551    gene
            gene    trnI(gau)
2482    2551    tRNA
            product tRNA-Ile
10428    8683    gene
            gene    ND5
10428    8683    CDS
            product NADH dehydrogenase subunit 5
            transl_table    5
            note    TAA stop codon is completed by the addition of 3' Aresidues to the mRNA
17085    16296    gene
            gene    s-rRNA
17085    16296    rRNA
            product 12S ribosomal RNA