PhyloPhlAn3.0：https://huttenhower.sph.harvard.edu/phylophlan
GitHub：https://github.com/biobakery/phylophlan

一、安装：

conda install -c bioconda phylophlan=3.0

失败

conda create -n python3.7 -c bioconda python=3.7  #创建新的环境
conda activate python3.7  # 进入环境
conda install phylophlan=3.0  # 安装
phylophlan --version  # 检查
# PhyloPhlAn version 3.0.51 (11 May 2020)
# PhyloPhlAn version 3.0.60 (27 November 2020)

成功

另外安装metaphlan3时会安装phyliphlan3作为依赖。

conda create -n metaphlan python=3.7
conda activate metaphlan
conda install tbb=2020.2
conda install bowtie2
conda install -c bioconda metaphlan
phylophlan --version
# PhyloPhlAn version 3.0.60 (27 November 2020)

成功

二、获取数据库

phylophlan有自己的数据库，也支持自建数据库。

地址：http://cmprod1.cibio.unitn.it/databases/PhyloPhlAn/phylophlan_databases.txt

#database_name  database_url    database_md5
amphora2    
http://cmprod1.cibio.unitn.it/databases/PhyloPhlAn/amphora2.tar 
http://cmprod1.cibio.unitn.it/databases/PhyloPhlAn/amphora2.md5
#amphora2   https://zenodo.org/record/4005745/files/amphora2.tar?download=1 https://zenodo.org/record/4005745/files/amphora2.md5?download=1
phylophlan  
http://cmprod1.cibio.unitn.it/databases/PhyloPhlAn/phylophlan.tar   
http://cmprod1.cibio.unitn.it/databases/PhyloPhlAn/phylophlan.md5
#phylophlan https://zenodo.org/record/4005620/files/phylophlan.tar?download=1   https://zenodo.org/record/4005620/files/phylophlan.md5?download=1

linux bad connection, win下载tar压缩文件：

# md5编号
587698f1b8593daba2719d587ba43463  amphora2.tar
9b3ce73a1d4808620161c27d7a739b48  phylophlan.tar
# 验证md5，不报错就是没错
diff <(md5sum amphora2.tar) amphora2.md5
diff <(md5sum phylophlan.tar) phylophlan.md5

悄悄改一个编号会被发现，测试diff的使用，

解压

tar -xf amphora2.tar # 解压文件夹
bzcat amphora2/*.bz2 > amphora2/amphora2.faa # 解压合并文件

amphora一共136个marker gene，合并到一个faa蛋白序列文件

tar -xf phylophlan.tar # 解压文件夹
bunzip2 -k phylophlan/phylophlan.faa.bz2

phylophlan只有一个蛋白序列文件，34万条蛋白序列，

最后清除所有压缩文件。

三、建数据库索引

diamond索引

diamond makedb --in amphora2/amphora2.faa --db amphora2/amphora2
diamond makedb --in phylophlan/phylophlan.faa --db phylophlan/phylophlan

四、Tutorials

案例教程：https://github.com/biobakery/biobakery/wiki/PhyloPhlAn3

• 案例一：
  1 获取S. aureus一个基因组
  2 联网获取S. aureus基因组的UniRef90 core proteins
  phylophlan_setup_database -g s__Staphylococcus_aureus
  3 进化树
  4 获取S. aureus更多参考基因组
  5 进化树，GraPhlAn可视化

• 案例二：不依赖UniRef90，重建进化树phylophlan -d phylophlan

• 案例三：meta组装SGB数据处理
  1 获取Ethiopian宏基因组genome bins
  2 SGB.Jan19作为参考给bins做注释 phylophlan_metagenomic -d SGB.Jan19
  3 热图展示Bin在样本中的有无，SGB的分类和数量

第一张热图显示在埃塞俄比亚人群中发现的前21个 SGB 的存在/缺失情况；第二张热图显示每个宏基因组样本中有多少 uSGBs (unknown)、 kSGBs (known) 和未分配的分箱。

• 案例四：
  1 获取E. coli bins
  2 获取E. coli bins的core set of UniRef90 proteins
  phylophlan_setup_database -g s__Escherichia_coli
  3 添加E. coli参考基因组
  phylophlan_get_reference -g s__Escherichia_coli
  4 configure，建树

• 案例五：uSGB和close phyla reference建树
  1 获取uSGB
  2 获取Epsilonproteobacteria class参考-g c__Epsilonproteobacteria
  3 获取close phyla参考-g p__Spirochaetes
  4 configure，建树

参考：
PhyloPhlAn 3.0 微生物组系统发育分析