使用幕布读文献GSE4107 -我的分析和3篇文章的区别
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Seurat_Satija
第一篇 2015-GSE4107 OncoTargets and Therapy
1. 差异基因选择标准
文章选了p<0.05 我选择的p<0.01
p值计算 文章方法是Benjamini–Hochberg。我选的limma包
2 探针转换symbol
文章探针转换symbol使用的平均值。我用的是随机去重
3 富集分析方法
文章富集分析用的david 我用的clusterprofiler
文章选了上调下调分别富集，我是上调下调合在一起富集的。
第二篇 2019-GSE4107 Cancer Control区别
1.差异基因选择
文章logFC 绝对值小于2 我选择的小于1
2 探针转换symbol
文章the significant expression value was taken as the gene expression value.我用的随机去重
3 富集分析方法
文章富集分析用的david 我用的clusterprofiler
文章选了上调下调分别富集，我是上调下调合在一起富集的。
第三篇 2011-GSE4107 PLoS ONE |GSEA分析
1. 随机重复次数
文章用的2000，The dataset was analyzed using GSEA, t-test, 2000 gene-set permutations.
我可能会用默认值1000
2.p值的选择
文章用的nominal p-value,0.001, FDR,5%. The overlap coefficient was set to 0.5.
我可能会用 0.01
