Qiime2(四) -过滤feature table

. 按代表序列数量过滤

保留总测序量大于3条的代表序列：

time qiime feature-table filter-features \ 
--i-table table-dada2.qza \ 
--p-min-frequency 3 \ 
--o-filtered-table feature-frequency-filtered-table.qza 

2. 偶然因素过滤

为了规避偶然因素，保留至少在2个样品本存在的ASV ：

time qiime feature-table filter-features \ 
--i-table table.qza \ 
--p-min-samples 2 \ 
--o-filtered-table sample-contingency-filtered-table.qza 

3. 过滤序列

根据功能的分类注释过滤代表序列。
qiime taxa filter-seqs 提供的该功能与 qiime taxa filter-table 中提供的功能非常相似，因此可以参考QIIME 2对 qiime taxa filter-table 的描述，以了解有关基于分类筛选的更多信息。
简单地说，filter-seqs可以保留包含门级注释的所有特征，但在其分类注释中排除包含线粒体或叶绿体的所有特征对应的序列。

qiime taxa filter-seqs \ 
--i-sequences sequences.qza \ 
--i-taxonomy taxonomy.qza \ 
--p-include p__ \
--p-exclude mitochondria,chloroplast \ 
--o-filtered-sequences sequences-with-phyla-no-mitochondria-no-chloroplast.qza