取在intron内的sequence
2020-09-23 本文已影响0人
byejya
已经取出在intron的序列，并对在intron的序列取了meta序列
问题：1.meta序列似乎比较少
2.再细致一点
下一步：改igv使得更清晰
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使用脚本：
seq_in_intron.py
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仍需排除一些特殊情况：
1.这两个是同一条。
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正好错开一位的，也需要拼接。
但突然想到
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这种并非在3'ss 5'ss 的，可能是intron拼接导致的。或许不该拼接。
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这样比较对？放大看：
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比较正确。
2.落单的序列
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5086,400位置不是intron。但有可能是intron的问题，所以，需要把落单的序列取出来重新验证。
3.（横向的两个是一组。）断点不一致，但起止位置一致。好结果
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4.重叠。两个都是10762
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下一步：去单，去重叠。
找配对
把其他文件全跑了
正确情况：
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两个蓝的，start end一致，中间长度不一致。
因此，找到的另一条对应序列应该在intron中间。
问题：1.intron该不该合。
2.跨exon的是否能找到。
思路流程：
取特征序列 > 取在intron的特征序列>取对应部分> 改igv作图观察
目的：得到切实可靠的bpreads
取meta部分：
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用法：
f=max.sam
fi=onr_pair
for i in fi:
mate = f.mate(i)
w
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两条只看一条就行，因为是重复取的，没有去重。
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结果上看是比较可靠的。
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还是intron拼接太长的问题
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