单细胞实战(1)：原始测序数据下载
2020-10-05 本文已影响0人
周小钊
前言
目前的课题是10X单细胞测序(植物方面)，之前已经把所有的流程基本走过一遍，现在就将自己的学习过程整理成笔记给大家分享一下，我在学习单细胞分析的时候主要跟着单细胞天地的公众号和jimmy老师在B站上上传的单细胞分析视频进行学习的，在前期的数据下载过程中也参考了刘小泽的文章，希望对大家能有所帮助。
数据来源：《Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA》文章中的部分数据
| ID | Description | SRR_ID |
|---|---|---|
| GSM3330559 | Tumor Disc Pre | SRR7722937 |
| GSM3330560 | Tumor Disc AR | SRR7722938 |
| GSM3330561 | PBMC Pre | SRR7722939 |
| GSM3330562 | PBMC Disc Early | SRR7722940 |
| GSM3330563 | PBMC Disc Resp | SRR7722941 |
| GSM3330564 | PBMC Disc AR | SRR7722942 |
数据下载
两种方法
1.使用sratools
conda install -c daler sratoolkit
##sra数据下载加速
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
# 小心版本号有变动，不要直接复制上面的命令
tar zxvf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
bash ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh
# 默认安装路径 /home/user/.aspera
cat >SRR_Acc_List-2586-4.txt
SRR7722937
SRR7722938
SRR7722939
SRR7722940
SRR7722941
SRR7722942
cat SRR_Acc_List-2586-4.txt |while read i
do prefetch $i -O `pwd` && echo "** ${i}.sra done **"
done
2.利用ascp由ftp.ncbi下载测序数据
第一种情况下有的数据可能无法下载，也可以直接利用ascp下载，速度也很快
在EBI上搜索想要的SRR号，复制连接地址
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR772/007/SRR7722937
然后将地址按照如下格式修改
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/007/SRR7722937 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/008/SRR7722938 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/009/SRR7722939 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/000/SRR7722940 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/001/SRR7722941 ./
ascp -QT -l 300m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR772/002/SRR7722942 ./
