【2019-01-13】每日生信--如何批量下载某物种的EST序
2019-01-16 本文已影响4人
oddxix
批量下载某物种的EST序列数据。大体上的思路有几种方法：
这重要介绍用NCBI的Entrez搜索来下载EST序列。再简单提一下PlantGDB网站，植物方面的基因组序列和EST序列比较齐全。
锁定物种：芝麻（sesame，Sesamum indicum）
第一种：用NCBI的Entrez搜索批量下载EST序列（不只是EST哦，其它一样有效的）
用关键词sesame，数据库选Taxonomy（图1）。
用关键词sesame，数据库选Taxonomy
得出芝麻的 Taxonomy ID 为 4182(缩写：txid4182)。见图2。从图2右边的Entrez records 可知芝麻的EST序列有3328条。点击 3328 的链接进去。这时自动分配一个关键词：txid4182[Organism:noexp] 等同于 txid4182
芝麻的EST序列有3328条
所以以后用这个关键词txid4182，数据库选择EST，就能搜索到芝麻所有的EST序列，选择其它的数据库，当然也是一样能得到芝麻的其它数据。见图3
在Display处选择需要下载的格式（如Fasta），见图3
在Display处选择需要下载的格式
在Send to 处选择File，就是下载全部序列了。见图4
在Send to 处选择File，就是下载全部序列了
第二种：PlantGDB网站
PlantGDB：植物有关的序列数据等等，收集的植物种类也较多。也提供一些生物信息的分析工具。
EST序列下载页面：http://www.plantgdb.org/download/download.php?dir=/Sequence/ESTcontig/
原文链接：http://liucheng.name/975/
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