BBQ(生信基础问题11-12问-cutadapter)：Cut

接着上次的学习笔记，上次说到了fastqc的学习，如何去看fastqc生成的报告。一般来说，刚刚下机的数据是不能直接用于后续的分析。必须得去除接头和index等信息。此外，低质量的序列还需要去除？那么这次的学习笔记是主要集中在这几个问题：

1：如何获得adapter和barcode的序列？
2：利用什么软件可以去除这些信息？
3：如何去除低质量的数据？
4：如何利用代码来实现呢？

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生物信息学100个基础问题 —— 第11题 使用cutadapt去除adapter
生物信息学100个基础问题 —— 第12题 trim与cutadapt 先用哪个？

bbq11-12的思考

其实主体还是利用fastqc进行质量评估，然后根据质量评估的信息。进行相应的质控。利用到的软件是cutadapter 和 fastx-toolkit，其实还有一些别的软件可以用，比如说trimmomatic或者是Trim Galore（亲测，都还是比较好用的）

Reference:

cutadapt 1.16 documentation-序列的过滤部分
高通量测序知乎专栏
FASTX-Toolkit - fastx_trimmer使用说明

PS: 我觉得软件都是通用的，话说FASTX-Toolkit也可以用来去adapter，为什么不用这个软件一起去了呢？

（先占个坑，欢迎小伙伴一起讨论！）