计算基因长度

用在转录组RPKM计算上
1载入GTF文件

library(GenomicFeatures)
txdb <- makeTxDbFromGFF("hg38.gtf",format="gtf")

2通过exonsBy获取每个gene上的所有外显子的起始位点和终止位点，然后用reduce去除掉重叠冗余的部分，最后计算长度

exons_gene <- exonsBy(txdb, by = "gene")
exons_gene_lens <- lapply(exons_gene,function(x){sum(width(reduce(x)))})