一、常用软件

Diamond
cd-hit | 基因集去冗余
grabseqs | 批量下载sra数据并直接转换为fastq文件的工具
tabix | 操作VCF文件

二、基因组相关

1.组装

使用purge_haplogs处理基因组杂合区域
Purge_dups | 去冗余序列
busco | 基因组质量评估

2.基因预测

TEclass | 对TE一致性序列进行分类
Eggnog-mapper

3.Hi-C

HiC-Pro的安装

三、群体相关

plink
PSMC | 群体历史有效群体
msmc2 | 遗传群体史推测
admixture | 群体结构分析

四、转录组相关

五、数据库

NCBI | Taxonomy