下载微生物16S rDNA序列并用MEGA-X构建进化树
2021-06-22 本文已影响0人
Dayueban
整理：王采荷
一、下载同一种属不同species下的微生物16S rDNA
使用NCBI网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- 选择
nucleotide，搜索框输入"Reckettsia 16S"
图一
- 网页下拉可以看到不同species的16S ribosomal RNA gene，把这些都选上
图二
- 将选中的这些序列都导出来，命名为Rickettsia 16S，由于导出后是txt文件，将后缀改为.fasta格式，才能导入MEGA-X软件
图三
二、MEGA-X软件进行序列比对及初步构建进化树
- 打开MEGA-X软件，没有下载的可以前往软件网站：https://www.megasoftware.net/ 进行下载安装。
图四
- 打开软件，导入上述步骤下载好的几个测试数据
图五
- 弹出对话框之后，选择"Align"
图六
- 选择比对方法，这里我选择
MUSCLE，会出现一些参数选项，根据自己需要进行修改，在这里直接点击OK选择默认参数即可。
图七
- 比对后，将比对结果导出生成meg文件
图八
- 序列比对完成后，接下来就是构建进化树了，回到MEGA-X的主界面，点击PHYLOGENY
图九
- 计算一段时间后，就能出现构建的tree图
图十
三、总结
以上就是对如何根据自己分离或者从文章中获得的某种微生物16S序列，想要获得近缘物种的进化关系，可以初步参考以上的文案。
还可以用R语言包以及其他软件来对进化树进行可视化，如ggtree包，在线网站iTOL(https://itol.embl.de/)、EvolView(http://www.evolgenius.info/evolview/)
