NCBI数据下载——SRAToolkit配置&下载SRR数据

1.下载SRAToolkit

略

2. 配置

$ cd /software/biosoft/software/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin
$ ./vdb-config --interactive
### 或者把这个路径加到 .bashrc 里，再敲vdb-config --interactive 

出现交互式界面，更改数据下载路径

这个界面是可以用鼠标点击的！
保存，退出。

3.下载SRR数据

脚本

$ cat sra-download.sh
/software/biosoft/software/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/prefetch --max-size 2000GB --option-file SRR_Acc_List.txt

SRR_Acc_List.txt 中写入需要下载的数据的SRR号,一行一个。

$ cat SRR_Acc_List.txt
SRR19134783
SRR13155957
SRR13155959
SRR13155962

运行

$ sh sra-download.sh
2022-06-23T07:26:05 prefetch.2.8.2: 1) Downloading 'SRR19134783'...
2022-06-23T07:26:05 prefetch.2.8.2:  Downloading via https...

可以根据结果文件大小情况，推测还有多久能下载完成。

$ ll /p300s/wangmx_group/ayunga/NCBI/sra
total 2645292
-rw-r--r-- 1 ayunga wangmx_group          0 Jun 23 15:23 SRR19134783.sra.lock
-rw-r--r-- 1 ayunga wangmx_group 2775907935 Jun 23 15:38 SRR19134783.sra.tmp.13239.tmp

下载的数据会存入 /p300s/wangmx_group/ayunga/NCBI/sra 目录中。