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【科研猫·绘图】缤纷版·韦恩图(带R代码分享)

2019-07-11  本文已影响25人  fc7587d03c83

前面两期的绘图课程,收到喵友们的好评如潮,倍感荣幸呀。还有不少同学在问有没有线下培训课程,科研猫已经在筹备啦,预计9月份会跟大家见面。只要是大家有需要,科研猫都会推出的。那么今天,咱们依然:小板凳排排坐,飞飞老师要开课~

想跟大家说的是,我们的教程虽然是按部就班地推出,但也支持点播哦~。前几天,有同学说想要韦恩图的教程,那么我们就来一期韦恩图吧。

                                  韦·恩·图

定义:Venn diagram, 又称为文氏图、温氏图、维恩图、范氏图,是在所谓的集合论(或者类的理论)数学分支中,用以表示集合(或类)的一种图。用于展示在不同的事物群组(集合)之间的数学或逻辑联系,尤其适合用来表示集合(或)类之间的“大致关系”。

解读:各个集合(或类)就以圆/椭圆(的内部区域)来表示。两个圆/椭圆相交,其相交部分表示两个集合(或类)的公共元素,两个圆/椭圆不相交(相离或相切)则说明这两个集合(或类)没有公共元素。

应用场景举例:计算多个组中差异基因的交集

绘制方法:使用  read.table()  函数读入不同列表的数据,构建列表list,使用R的VennDiagram 包绘制不同数量的组之间的韦恩图。

绘图操作:使用科研猫提供的韦恩图·R代码,只要提供几个参数即可:

由于我们常用的韦恩图可能涉及多个组别,如2组、3组乃至4组、5组,为了更全面地展示作图过程,更好地教会大家,我们在这里把不同组别全部做一遍。

以四组的文恩图为例,我们需要读入四个列表的数据文件,然后命名这四个数据列的名称,对代码做如下修改和设置:

1. 设置需要读入的列表1的数据文件;设置列表1的名称;

2. 设置需要读入的列表2的数据文件;设置列表2的名称;

3. 设置需要读入的列表3的数据文件;设置列表3的名称;

4. 设置需要读入的列表4的数据文件;设置列表4的名称;

然后直接全选,运行代码即可。出来的图是这样的:

相当漂亮啊,有木有?同理,如果需要2组,3组,或者5组的韦恩图,需要设置对应数量的列表文件和列表的名称即可。画出来的图是这样的:

讲师简介:

飞飞老师,绰号“小飞鼠”,国家重点实验室生物信息学博士,生物信息及动画专业双985学士,有近十年科研绘图经验,精通R、Python、Perl等多门编程语言及Photoshop、Illustrator、InDesign、After Effects、Cinema 4D、Maya等制图软件,已发表多篇高质量SCI论文(包括10分以上两篇),并多次操刀设计Journal封面绘图。授课经验丰富,已辅导学员完成论文绘图近千张,辅导发表SCI论文80余篇。下面我们一起按照由易到难的顺序,一起来欣赏一下飞飞老师的大作吧:

1.  初级统计绘图

2.复杂统计绘图

3.流程图、机器学习、三维制图

4.复杂三维绘图、杂志封面

看了我们飞飞老师的简历和这么多美图,是不是也很想跟着她系统地学习科研绘图呢?关注"科研猫"公众号,《科研绘图系列》持续更新中.......下面就是最激动人心的时刻。

福利通道

福利1:教程点播,如果你继续某个图形的绘图教程,比如热图、散点图等,可以联系折耳猫小姐姐,我们会根据同学的需求实时推出你需要的教程,满足你的任何愿望。

福利2:虽然存在盗版风险,但是本期韦恩图教程中的所有代码依然免费放送

赶紧联系咱们折耳猫小姐姐吧。

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下方点好看,更多好看。

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