RNA-Seq分析一般流程

1.下载fastq

2.检测hash值: md5sum

3.质控: fastqc + multiqc 

4.质控处理: cutadapt + Trimmomatic

5.比对: hisat2 或 bowtie2 或 bwa

5.1 需要:fasta+gtf: UCSC/NCBI/Ensemble

5.2 分为: gene水平/转录本水平/snp

生成sam

6.格式转换: samtools

生成bam

7.igv可视化

8.计量: featurecounts 或 gfold

生成raw_counts

9.差异分析: R包DESeq2

标准: 1.5倍(fc=2*1.5) 和 2倍(fc=2)

生成: de_gene.txt

10.david: MF/CC/BP+KEGG 做好基因注释

11.clusterprofile: 同上

12.string: 链接

13.有需要的话画图: 火山图\热图