单细胞测序数据分析的航母-工具包大集合
2019-03-18 本文已影响18人
医科研
随着单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集的逐渐累积，用于分析这些数据的工具数量也在急剧增加。熟悉小张聊科研的同学都知道，此前小编大大们曾预言，2019将迎来单细胞测序数据的大爆发。
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此前也推送过一些数据库[https://mp.weixin.qq.com/s/1W1Xpw9pJq5nPNbKsSS6QQ]（这里添加一个超链接），那接下来咱们关心的问题是数据如何分析，需要应用哪些工具软件，早已有大佬们帮咱考虑到这个问题啦，特异开发了一个数据库，专门集中这些工具，整合起来方便大家使用。接下来看下长啥样：
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这就是网站首页，说白了就是直接一个表格收录了这些工具，做成了网页，你要想体验下控制的感觉，右上角点击下载。
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点击第二个tools,可以看到将所有tools的相关链接全部列出，可以按自己的需求分类查看，比如小编同学按更新时间sort。
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第3个Categories按分析工具的功能分类，比如点击下差异表达分析。
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继续看下这些工具的增长情况，发现这些工具每隔几个月就要翻倍，还有很多是预印本的形式发表的。
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这些分析工具的软件平台， ，真好R是No.1,真好，白介素2同学唯一会一点点的平台没准能用上啦。
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最后是工具的种类，发现可视化的工具是最多的，居然达到了将近50%。
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如果小伙伴们觉得还有工具没有包含在内，试着通知下scTNA-tool同学，希望对大家有帮助。
以下附上网址：
数据库文章及其它图片参考文献：
Zappia L, Phipson B, Oshlack A (2018) Exploring the single-cell RNA-seq analysis landscape with the scRNA-tools database. PLoS Comput Biol 14(6): e1006245. [article]
