前两天使用snpeff进行基因注释，结果发现不少错误，所以就是用vep来进行注释，同样的位点，发现vep的注释是对的。

下面是使用笔记。

首先去官网上下载安装包

现在的版本是94（动物），41（植物），如果下载安装包后里面没有INSTALL.pl那就可能是版本更新了

mkdir vep && cd vep
wget -c https://github.com/Ensembl/ensembl-tools/archive/release/94.zip
unzip 94.zip
cd ensembl-vep-release-94

• 在安装之前先修改cache的地址，就是将INSTALL.pl中209行得地址进行修改,动物的版本和植物的版本不一样（注意vep的大小写），我又不知道怎么使用默认的$DATA_VERSION随着植物的版本更新而更新，所以就直接使用了现在最新的版本编号（同样如果需要下载fasta序列的话也可以进行修改）。

vi INSTALL.pl

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修改过后进行安装

perl INSTALL.pl -c ~/reference/vep/
#有时候会报错，可以使用下面的命令
#perl INSTALL.pl -c ~/ngs/reference/vep/ --NO_HTSLIB

• 安装程序，-c 后面是你下载cache的位置，默认是$HOME/.vep，安装过程中需要安装API文件，比较费时间，可能需要安装几次才能安装上。然后就是下载cache文件，选择自己物种的编号进行下载，以玉米为例

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但是有时需要安装一些模块

cpanm DBI
cpanm DBD::mysql

然后将cpanm的安装目录添加到环境变量中去，或者在INSTALL.pl的文件中添加一行
BEGIN { unshift @INC, '/home/free22/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi' }

安装好了就可以进行使用了

~/biosoft/vep --fasta~/reference/Zea_mays.AGPv4.dna.toplevel.fa --offline --species zea_mays--cache_version 39 --dir_cache ~/reference/vep/ -i maize_file.vcf -o maize_file_vep_annotate.vcf

• 对变异进行注释，--species 指明物种，--cache_version指明cache的版本号，一些详细的参数去官网上查看。

• 而对于变异类型的解释，也可以查看详细的说明。