ceRNA 生信精读文献

Whole-genome mutational landscap

2019-04-05  本文已影响78人  小米羊爱学术

Corresponding author: Hidewaki Nakagawa

结论

与以往肝癌突变特征的研究相比,我们没有观察到日本肝癌病例中马兜铃酸突变特征,而中国肝癌病例中经常发生马兜铃酸突变特征。同样,我们的signature W2、W3、W6和W7在之前的法国HCC样本研究中也没有发现。相比之下,在法国HCC中发现的一些signature在日本HCC样本中没有发现。
我们还发现了突变和复制时间之间的重要联系。点突变在晚期复制区域更为频繁,这可能是因为早期复制区域往往具有开放的染色质结构,更容易被dna修复因子所利用。然而,STVs表现出不同于点突变的模式:缺失在晚期复制区更为频繁,扩增和染色体易位在早期复制区更为频繁。之前的一项研究表明,dNTPs在复制后期的缺失导致了缺失事件的发生,这可以解释在复制后期区域中观察到的频繁缺失。串联重复的模式很难解释,但是压力或DNA在复制叉起始阶段的高阶结构可能导致在早期复制区域中串联重复的发生率更高。我们还观察到在早期复制区域染色体易位的数量更多,这可能是因为染色体易位伴随着串联重复。
除了已知的司机基因受到STV影响,包括我们的研究在内,越来越多的证据表明,由NEAT1和MALAT1编码的lincrna是由细胞应激(如缺氧)诱导的,并在多种癌症中促进细胞增殖或侵袭。虽然这些基因突变的功能影响尚不清楚,但突变可能影响蛋白质的结合亲和力,包括NEAT1的SWI/SNF色素重构复合物,或这些lincRNAs55的高阶结构。
值得注意的是,我们发现基因表达和STVs之间有很强的关联。邻近癌基因(CCND1、CBL、MET)表达水平升高,而抑癌基因(CDKN2A、APC、AMER1 (FAM123B))表达水平受到抑制,提示STVs通过改变癌基因和抑癌基因的表达促进肝癌发生。除了CNAs,逆转录和染色体易位也会影响基因表达。

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