Texshade对多重序列比对进行可视化
很早之前就觉得用DNAMAN做的多重比对导出来的图不是很好看了，而且后期还要进行PS或者PPT进行修饰。
因此，到网上去找了一些方法也做了一些尝试。
参考了高老师的两篇文章作为引入，后期的因为在Linux平台做分析，所以就基于其思路进行了Ubuntu平台下的适配。
主要思路参考：
http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-692113.html
http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-706083.html
首先通过多重序列比对软件对序列进行比对。
多重序列比对采用Mafft软件。
安装方式如下：
首先到Mafft的网站上下载Linux版本的Mafft安装包
Ubuntu环境可以直接下载.deb后安装
Ubuntu 环境下下载.deb的文件下载后安装即可
cd ~/Download/
sudo dpkg -i mafft_7.307-1_amd64.deb
然后进行安装后的验证
which mafft
如果能够输出路径即表示安装好了
然后就进行Mafft的多重序列比对。
下面以从从NCBI下载得到的某个植物MYB转录因子成员及其同源蛋白序列进行分析
>NP_176057.1 production of anthocyanin pigment 1 [Arabidopsis thaliana]MEGSSKGLRKGAWTTEEDSLLRQCINKYGEGKWHQVPVRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPSIKRGKLSSDEVDLLLRLHRLLGNRWSLIAGRLPGRTANDVKNYWNTHLSKKHEPCCKIKMKKRDITPIPTTPALKNNVYKPRPRSFTVNNDCNHLNAPPKVDVNPPCLG
>XP_010511463.1 PREDICTED: transcription factor MYB114-like [Camelina sativa]MEGSSKGLTKGAWTAEEDSLLRQCIEKYGEGKWHQVPFRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPSIKKGRLNSDEVDLLIRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTANDVKNYWNTHLSKKYEPGCKTKMKKKNIISPPTTTTVQKVNVFKPRPRSFTVNKDCSHLNVLPEVDITPSSNGLSIDNVCEDSITSDKDDEKDDFLNILINEDDMWLENLLDDSQETDAVVPEATTNEQGATLAFDVEQLWSLFDGETVELD
>CDY58386.1 BnaA02g35530D [Brassica napus]MEGSPKGLRKGAWTAEEDSLLRQCIDKYGEGKWHQVPLRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPSIKKGKLSSDEVDRLLRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTANDVKNYWNTHLSKKHEPGCNTKMRKRNIPCSSTQPAQKNEVLKPRPRSFTVNNGCSHFNGQPKVDVIPLFLGVNNTNNVCENSITYKKDAEKYELVNNLMDGENMWWKSLLEESQEPDAIVPESTETEKLATSAFDVEQLWNLLDGETVELD
>OAP17920.1 PAP2 [Arabidopsis thaliana]MEGSSKGLRKGAWTAEEDSLLRLCIDKYGEGKWHQVPLRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPSIKRGRLSNDEVDLLLRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTANDVKNYWNTHLSKKHESSCCKSKMKKKNIISPPTTPVQKIGVFKPRPRSFSVNNGCSHLNGLPEVDLIPSCLGLKKNNVCENSITCNKDDEKDDFVNNLMNGDNMWLENLLEENQEADAIVPEATTAEHGATLAFDVEQLWSLFDGETVELD
>XP_018491141.1 PREDICTED: transcription factor MYB90-like [Raphanus sativus]MSLVCVYKVLQGFVKPLPINLSLILLRINFTIIELDTFNINLWSMEESSKGLTKGAWTTEEDSLLRRCIDKYGEGKWHQVPLRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPTIKRGKLNSDEVDLLLRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTANDIKNYWNTHLSKKHEPCKTKMKKRNITYPSTTPAQKNDVFKPRPRLFTVNNGYSHLRGLPEVDVVPPCLGLNNINNVCENSMTCNKGKAREKYELFSNLMNGENVWWESLLEESKQPDTLVPEGKETEKGATSAFDVEELWKMLDGETVELD
接下来，对这些序列用Mafft进行多重序列比对
mafft --auto example.fa > example.fa.aln
--auto这个选项是让软件自动选择参数 详情可以参考mafft --hel
最后，通过Texshade对多重序列比对结果进行可视化。
先编写一个排版框架出来
\documentclass[15pt,a3paper]{report}
\usepackage{geometry}
\geometry{a4paper,left=0.2cm,right=0.2cm,top=1.5cm,bottom=0.1cm}
\usepackage{texshade}
\begin{document}
\begin{texshade}{/home/yeyuntian/Documents/nls.aln}
\shadingmode{T-coffe}
\setends{1}{0..361}
\showruler{1}{top}
\rulersteps{5}
\feature{top}{1}{7..15}{helix[Red]}{Alpha-helix1}
\feature{top}{1}{18..39}{helix[Red]}{Alpha-helix2}
\feature{top}{1}{58..63}{helix[Red]}{Alpha-helix3}
\feature{top}{1}{83..95}{helix[Red]}{Alpha-helix4}
\feature{top}{1}{105..116}{helix[Red]}{Alpha-helix5}
\feature{top}{1}{212..223}{helix[Red]}{Alpha-helix6}
\feature{bottom}{1}{5..47}{box[LimeGreen,LimeGreen]}{B-box domain}
\feature{bottom}{1}{53..97}{box[LimeGreen,LimeGreen]}{B-box domain}
\showsequencelogo{top}
\end{texshade}
\end{document}
简书上显示不了Tab的制表符空格，我截了一张图过来。
中间部分需要Tab键开头缩进
最后的结果图
可以看到，结果图中可以标注某些保守结构域，可以标注一些二级结构的预测结果，并且可以很清楚的看到一些保守残基。
此外，本文中仅仅介绍了一些很简单的注释方式，还有更多的可视化模式可以在Texshade上使用。具体的详情可以查看Texshade 的说明书：
http://mirrors.shu.edu.cn/CTAN/macros/latex/contrib/texshade/texshade.pdf
