2023-03-16师弟要bdg转bw

参考https://www.jianshu.com/p/e5955bd67d45

小工具在服务器上我的文件夹里有

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首先去UCSC准备染色体信息，参考https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079890

https://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#mouse 

选第一个 准备完毕

########师弟又报错了，说总是有染色体无法匹配

说明他在前面数据处理的时候染色体信息就有问题

参考上面的获取chrom.size方法试试

成功了！！！！！

2、bedgraph文件排序

The input bedGraph file must be sorted,

use the unix sort command: sort -k1,1 -k2,2n unsorted.bedGraph > sorted.bedGraph

##########最最容易出错的地方发现了

要善用head查看你文本的内容

师弟出错在于，他的bdg文件，有个第一行描述需要去掉

还有就是bdg的格式 和chrom.sizes里的染色体的描述一样吗，带不带chr

3.转吧转吧

bedGraphToBigWig sorted..bdg  chrom.sizes out.bw