VCFtools --hwe选项不是随便加的

call 过很多次SNPs了，每次都加上了--hwe选项，一般是--hwe 0.001，意思是移除不符合哈温平衡的位点(0.001 水平)。有时候也会想，如果samples来自的是不同的物种，怎么能随便加hwe呢。它们来自不同物种不能自由交配，更不可能达到哈温平衡，这个选项应该没有意义。

最近取biostar提了这个愚蠢的问题，果然我的想法是对的。对于不同物种、非自由交配的不同种群完全没有比较加--hwe。这样会使得SNPs少很多。

不能盲从tutorial的建议，即便是自己实验室的tutorial。理解每一步每个选项的意义。

自省。