自动上色和横坐标排序是两个比较重要的画图技能。

在群里只要有人问，学习R语言该看什么书，必定有人回答“R语言实战”，我也买过。里面的两个知识点给我留下很大困惑，一个是数据处理的melt和cast，另一个是因子。

一开始就是不能理解，因子是干什么的，到了后面用的多了，发现因子最大的功能就是分类。

因子就是分类器

因为这个特性的存在，因子被广泛地用于不同类别的自动上色。

除此之外，因为还有一个重要的功能

因子可以调顺序

昨天晚上，一个学员问了我这个问题：
他在做meta分析时画图，发现这三个组没有按照时间大小排序，而是按照字母排序了，他说已经搞了2个小时，问我怎么办。我毫不留情的说了几句，这个明显是上课的内容，如果你的这三个月份是数据框的一列，你只要把他们因子化，再重新排序就可以了。

5分钟后，他搞定了。

本来我想重现一下这个过程，但是不方便用这个数据，然后我发现在这个帖子中曾经写过
乱花渐欲迷人眼，偷得浮生半日闲

当时就是用因子排序的方法，把数据从这个样子

变成了排序后的样子

代码就在那个帖子里，我又读了一遍发现确实写得走心，观点很正，下午路过师弟的工位，发现他正好在看这个帖子。

再后来，这个因子排序的方法就用到了limma差异分析那里
GEO芯片分析中的大坑，差异基因完全相反！

最后要讲一个因子的坑

因子转数值要小心！

举个例子
创建一个向量

a <- rep(18:21,3)

把它因子化

a <- factor(a)

这时候这个数据是这样的，他起到了分类的作用，告诉我们这群数只有4类

如果调整因子的顺序, 我们确认因子的顺序可以用过这个方法改变

aa <- factor(a,levels = c("21","18","20","19"),ordered = F)

image.png

下面是坑，如果我想把这个数据变成数值呢？用as.numeric()对吧，

这样转换回去傻眼了，连大小都改了，而且没有任何警告信息，假如我们在处理自己数据的时候，碰到这种情况，怎么办，记住这句话

因子转数值，需要先变成字符串，再转换

好了，总结一下，因子有两个使用场景和一个坑，分别是

• 因子是分类器
• 因子可以调整顺序
• 因子转数值需要先转为字符串

明天，我要更新一期甲基化的差异分析。
接下来连续六个月的更新主要分为三个部分的内容(今天是第5天了)：

第一部分，

要把线下课程没有讲到的知识慢慢更新出来，比如甲基化，多芯片联合分析，还有什么WGCNA，ceRNA，microRNA批量靶基因预测，突变，免疫浸润，微环境等等，因为相对于课上的内容，这些都是次要的，属于非必须技能，当你R语言基础扎实的时候，我通过文字一样可以把你教会，不需要浪费课堂上的时间。

第二部分，

是测序方面的技能，博后期间给自己设计了这些课题，会逼着我自己去进步，这也是这六个月比较重要的组成部分。像熊讲的，这个领域没有门栏，但有瓶颈，我不想拿自己的爱好跟别人的专业去比拼，因为我本身就要努力成为专业人士。

第三部分，

是文献阅读，各种奇思妙想，没有记录就没有发生，当我回看乱花渐欲迷人眼，偷得浮生半日闲这个帖子的时候，我不敢相信，我还说过那些话，我挺感激这些记录的。当我回看高中时秒天秒地的你，是否还会这些数学题？这个帖子的时候，我发现在那连续一个多月中，我跟很多非专业内的朋友保持了很好的互动，这些都会增加幸福感。
当然，有时候想划水的时候，会写一些鸡汤文，我写的鸡汤文阅读量都还可以，说明大部分朋友都是营养不良。

好了，我是果子，明天见，期待我们一起发育，变粗变长。