下载转录组数据的方法

在阅读文献时，会得到一些转录组的数据。那么我们如何下载这些转录组数据呢？以SRR1039510为例

一般转录组分析都会在服务器上进行，所以在下载之前，需要配置好环境，下载好相关软件（以后会详细的列出来）

#####方法一：使用prefetch 下载。 

prefetch SRR1039510

####此方法非常慢，经常失败

#####方法二：wget + link 

####link 可以在SRA Explorer 网站中找到 （https://sra-explorer.info/）

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR103/000/SRR1039510

#####也非常慢可能需要一个小时

#####方法三： 使用ascp 命令下载 （速度快）

#####安装Aspera包：

conda install -c hcc aspera-cli

#####在SRA Explorer网站中找到下载命令并运行 （在Aspera commands for downloading FastQ files下）

#!/usr/bin/env bash

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR103/000/SRR1039510/SRR1039510_1.fastq.gz . && mv SRR1039510_1.fastq.gz SRR1039510_GSM1275864_N61311_Alb_Homo_sapiens_RNA-Seq_1.fastq.gz

ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR103/000/SRR1039510/SRR1039510_2.fastq.gz . && mv SRR1039510_2.fastq.gz SRR1039510_GSM1275864_N61311_Alb_Homo_sapiens_RNA-Seq_2.fastq.gz

######方法四： 直接下载

#####进入网站：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home，找到基因并进行下载（可选fastq文件或sra文件）

一般我们在下载sra文件后，都需要使用fastq-dump命令将其转化为fastq文件，所以在下载过程中如果有fastq文件，可以直接下载fastq文件。