生物学常识

• NAM群体：（巢式联合作图）主要是通过多个亲本与同一亲本进行杂交，而后进行不断自交，获得一个庞大的作图群体。其优点在于亲本数目相对较少，而其中一个亲本固定的，在群体结构上有相对比较好的区分，在进行关联分析的过程中，可以考虑到群体结构造成的影响，从而很好的进行研究。

• eQTL：以mRNA或miRNA表达水平为数量性状，定位与基因表达变异相关联的遗传变异位点， 进而建立相关的基因调控网络。

• LD 连锁不平衡 (Linkage disequilibrium)分析在连锁不平衡程度的评估。
  _r2和D'=0,表示连锁完全平衡。即不存在连锁关系。_r2和D'=1,表示完全存在连锁。

转录因子：(transcription factor)是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的质蛋白分子。

• DNA上终止密码子 TAG TAA TGA
• DNA上起始密码子ATG
  cDNA=5'UTR+CDS+3'UTR

DNA和RNA的OD值。
纯DNA：OD260/OD280≈1.8(＞1.9，表明有RNA污染；＜1.6，表明有蛋白质、酚等污染）
纯RNA：1.7 ＜OD260/OD280＜2.0（＜1.7时表明有蛋白质或酚污染；＞2.0时表明可能有异硫氰酸残存）
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RT-qPCR()

酵母双杂交（筛选一个基因和文库中互作的基因（筛库）、验证体外两个基因之间点对点的互作（点对点））三缺四缺培养基
酵母单杂交比较
CoIP(免疫共沉淀):
用来研究体外蛋白质相互作用的技术。
免疫共沉淀的话蛋白质是处于天然状态，蛋白质的相互作用可以在天然状态下进行，可以避免人为影响，还可以分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合体。
Pull down: GST pull-down是将GST融合蛋白作为探针固化到凝胶柱上，与溶液中的目的蛋白结合。可以用来确定融合（或探针）蛋白与未知（或靶）蛋白间的新的相互作用，证实探针蛋白与已知蛋白质间可疑的相互作用。
但问题是这个方法可能会出现假阳性。也就是也许是因为电荷作用的影响造成的吸附，而不是生理性的相互作用。

BiFC（双分子荧光互补）：研究体内两个蛋白的互作。互作的蛋白分子会结合到一起，在激发光的照射下发出荧光。
启动子、预测转录因子