circos 学习手册（十七）

link 和 relationships（二）

3. link formatting

通常，如果有多个数据文件，则每个文件都与自己的 <link> 块相关联

<links>

 # global parameters here
 ...

 <link>
  file = /path/to/file
  # local parameters for this data set
  ...
 </link>

 <link>
  file = /path/to/file
  # local parameters for this data set
  ...
 </link>

 ...

</links>

当在一个图像中组合多个 link 数据时，需要记住几件事

• 首先，要为每个数据集设置想要的 z-depth，z 值高的绘制在低的数据集之上。在这个例子中，我用浅灰色（z=5）绘制前 10000 条记录，然后用浅灰色（z=10）绘制前 2500 条记录，然后用灰色（z=15）绘制前 1000 条记录，以此类推

• 其次，可以为每个数据集调整几何形状。在这个例子中，我修改了 crest 和 bezier 半径纯度的值

• 最后，颜色和厚度可以有效帮助数据分层。通常用浅色细线绘制 z 值较低的 link

image.png

4. link rules - Part I

rules 是 <plot> 或 <link> 块中特殊的块，它根据位置、值、格式或者与数据有关的任何其他属性

一般格式是

# for 2D plots
<plots>

 <plot>

 <rules>

  <rule>
  ...
  </rule>

 </rules>

 </plot>

</plots>

# for links
<links>

 <link>

 <rules>
  <rule>
  ...
  </rule>

 </rules>

 </link>

</links>

每个 <link> 块可以有一个关联的 <rules> 块，该块又包含一个或多个 <rule> 块。每个 <rule> 块都包含一个测试条件和格式参数。

当 link 通过测试条件，rule 块中的格式化参数将会应用于该 link

数据点被独立测试

rule 将独立应用于每个数据点。数据点可以是高亮显示、直方图，散点图或连接。

当 rule 被应用到一个数据点时，你可以访问数据点的属性，但是不能访问其他数据点。也就是说，没有直接的机制能够反问邻接数据点，但是你可以通过将一个 prev 和 next 参数与数据点关联起来

hs1 0 9 0.25 next=0.5
hs1 10 19 0.5 prev=0.25,next=0.75
hs1 20 29 0.75 prev=0.5,next=1.00
...

rule 语法

每个 rule 必须包含一个 condition 参数，用于测试每个数据点

4.1 rule 条件

条件的格式是 perl 代码，会被自动执行而不需要显式使用 eval() 函数。

可以使用一些辅助函数来简化对多个参数的测试（如 between）。你可以在条件表达式中任何数值后面加上 kb、mb 或 gb 表示碱基对乘子

有些特定的关键字在运行时被解析，例如 var(FIELD) 函数可以访问单个数据点的属性，其中 FIELD 可以是：

• CHRn：link 中跨度 n 的染色体号(e.g. var(chr1))
• STARTn：跨度 n 的起始位置 (e.g. var(start2))
• ENDn：跨度 n 的终止位置(e.g. var(end2))
• POSn：跨度 n 的中间位置 (e.g. var(position1))
• SIZEn：跨度 n 的大小(e.g. var(size1))
• REVn：如果 link 末端位置倒序返回 1 (e.g. start > end)
• INV：如果 link 是颠倒的，返回 1（两个末端只有一个发生颠倒）
• INTERCHR：如果 link 末端在不同染色体上返回 1，否则返回 0(e.g. var(interchr))
• INTRACHR：如果 link 末端在相同染色体上返回 1，否则返回 0(e.g. var(intrachr))

上述所说的跨度 n，表示连接的起始点和终止点，即 n=1(起始) 或 n=2(终止)

数字后缀仅应用于 link，并测试 link 的开始和结束，与单个坐标范围相关联的数据类型不使用数字后缀（eg,start）

condition = var(chr1) eq "hs1"  # link starts on hs1
condition = var(size1) < 1mb    # link start span is shorter than 1Mb
condition = 1                   # always true for any link

4.2 条件测试

规则按以下顺序应用：

• 首先，任何包含 importance 参数的规则，按照 importance 降序方式排序

• 其次，任何不包含 importance 参数的规则，按照出现顺序排序。importance 参数允许你对规则优先级进行排序，而不必移动它们

当规则通过测试时，它将应用于数据点，此时，规则链是否终止，取决于 flow 参数

默认情况下，通过第一条规则便终止规则链，当规则失败时，将在数据点上测试下一个规则。直到通过规则测试或者规则都测试完毕为止

规则级联

默认情况下，当通过规则，将终止规则链

<rule>
# if this rule passes
</rule>

<rule>
# all subsequent rules are not tested
</rule>

可以通过设置 flow 参数来更改此行为。如果 flow=continue，那么通过的规则不再使用级联短路。后续规则将被测试

<rule>
...
flow = continue # if this rule passes, continue testing
</rule>

flow 参数可以有四个不同的值

# continue testing
flow = continue { if true|false }
# continue testing, but start at top of rule chain
flow = restart  { if true|false }
# stop testing
flow = stop     { if true|false }
# goto rule associated with tag=TAG
flow = goto TAG { if true|false }

你可以有多个 flow 参数以满足不同的情况

<rule>
...
flow = stop if false
flow = goto otherrule if true
</rule>

<rule>
tag = otherrule
...
</rule>

如果存在 flow 指令，则规则可能缺少条件，你可以使用以下方法短路所有规则

<rule>
flow = stop
</rule>

使用 goto 跳过不想测试的规则

<rule>
flow = goto myrule
</rule>

... rules you don't want to use

<rule>
tag = myrule
...
</rule>

规则示例

下面是个简单的例子

<link>

 <link>

 file       = data/5/segdup.txt

 <rules>

  <rule>
   condition  = var(intrachr)
   show       = no
  </rule>

  <rule>
   condition  = between(hs1,hs2)
   color      = green
   z          = 10
   flow       = continue
  </rule>

  <rule>
   condition  = between(hs2,hs3)
   color      = blue
   thickness  = 2
   z          = 15
  </rule>

 </rules>

 </link>

</links>

• 第一条规则是当 var(intrachr) 为 true 时，通过设置 show=no 来关闭染色体 link 的显示

• 第二条规则，将 hs1 和 hs2 之间的所有 link 变为绿色，并将它们绘制在其他 link 的顶部。flow = continue 参数将测试后面的规则

• 最后一条规则，将 hs2 和 hs3 之间的 link 涂成蓝色，使其更厚，并进一步增加 z 值

image.png