2023-03-29 LML的服务器教程

他们组服务器可真乱啊，在他师兄文件下建立LML

1、SRA.lite1解压

/home/yzyang/biosoft/SRA_Toolkit/sratoolkit.3.0.1-centos_linux64/bin/fastq-dump

解压语句：

/home/yzyang/biosoft/SRA_Toolkit/sratoolkit.3.0.1-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3  --gzip $文件名字.lite

2、TrimGalore过滤

trim_galore -q 25 --phred33 --length 35 -e 0.1 --stringency 3 --paired -o $输出路径 $文件名1lite.1_1.fastq.gz  $文件名2 lite.1_2.fastq.gz

3、Hisat2比对

extract_exons.py $gtf名字 >genome.exon.gtf

extract_splice_sites.py $gtf名字 > genome.ss.gtf

hisat2-build $fa基因组文件名字 -p 10 --ss genome.ss.gtf --exon genome.exon.gtf  /$路径/前缀

以上是甜菜index的建立

hisat2 -p 20 -x /storage2/anlei/wangwenjing/index/hisat2/sugar/sugar_index/sugar -1 $名字 -2 $名字val_2.fq.gz -S 自名字.sam

4、sam转bam

samtools sort -O bam -@ 25 SRR12730680.sam -o $输出路径 SRR12730680.sort.bam

5、featurecount计算counts数

featureCounts -T 40 -g gene_id -a /storage2/anlei/wangwenjing/index/hisat2/sugar/sugar_index/genomic.gtf -o /storage2/anlei/wangwenjing/lml/count/count.txt *.sort.bam