本文目标

• GSEA原理等介绍
• java版本的GSEA运行示例
• 纯R版本的GSEA运行示例

第一部分 GSEA原理等介绍

GSEA分析介绍

富集分析一般到最常见的是GO/KEGG富集，其思路是先筛选差异基因，然后对差异基因进行GO/KEGG注释。例如GO富集分析是先筛选差异基因，再判断差异基因在哪些注释的通路存在富集。这涉及到阈值的设定，存在一定主观性并且只能用于表达变化较大的基因，即我们定义的显著差异基因。而GSEA则不局限于差异基因，从基因集的富集角度出发，理论上更容易囊括细微但协调性的变化对生物通路的影响。