linux环境下的软件安装

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了解软件管理miniconda

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具体操作

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打开linux

启动xshell

连接服务器

进入biosoft目录

下载miniconda到服务器

1.搜索miniconda

2.进入清华镜像

3.找到miniconda，即https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

4.找含latest 和Linux-x86_64版本（最新）

5.鼠标右键选复制链接地址

6.在服务器biosoft目录下键入wget，然后空格，然后鼠标右键选择粘贴链接地址

7.按很多enter键，输入yes，按enter键

8.激活，source ~/.bashrc

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9.命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功

添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

查看软件列表conda list

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安装软件 conda install fastqc

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验证安装，fastqc --help，出现大片文字，成功

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卸载软件，conda remove fastqc

conda环境

查看环境，conda info --envs

建环境，conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic

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激活环境，conda activate rna-seq

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退出当前环境，conda deactivate

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