【读文献】围绕一个基因的生信分析如何发5分的Aging

2020年3月13日 著名的 Aging杂志又发表了一篇关于一个基因的生物信息学综合分析的研究成果，该研究成果来自厦门大学东方医院肝胆病科， 解放军联合服务支援部队第900医院，泉州妇幼医院病理科，澳门特别行政区澳门大学中医药研究所，泉州妇幼医院超声科等学者。

简介

该研究主要聚焦单个基因，进行综合的生物信息分析，最后得出它是一个潜在的诊断和预后标志物的结论。

大家可以思考，结合自己的研究方向，进行一些拓展和创新。

摘要

在这项研究中，我们分析了嘧啶二磷酸内脱氧核糖核酸酶1（APEX1）在肝细胞癌（HCC）中的表达及其临床意义。在来自Oncomine，GEO和TCGA数据库的多个数据集中，HCC中APEX1 mRNA和蛋白水平显着高于邻近的正常肝组织。具有低甲胎蛋白表达的早期HCC患者APEX1水平显着升高。在肝癌患者中，APEX1的阳性预测值（PPV）明显高于甲胎蛋白的PPV（67.91％vs. 55.22％）。高APEX1表达与HCC患者对索拉非尼和抗编程性死亡1（PD-1）治疗的耐药性相关，并且与较差的总体生存率，疾病特异性生存率，无进展生存期和早期无复发生存期相关。和晚期肝癌患者。在非酒精性，血管侵袭阴性和肝炎病毒阴性的HCC患者中，APEX1高表达还与预后不良有关。这些数据表明，APEX1是肝癌中比甲胎蛋白更好的诊断和预后生物标志物。基因集富集分析（GSEA）显示APEX1表达与肝癌组织中的DNA损伤修复途径相关。这些发现表明，APEX1是肝癌的潜在诊断和预后生物标志物。