【生信小记2018-07-13】学以致用的小小成就感

从接触计算机之后，大多数学习工作的时候，我们用的最多的就是Office办公软件了，每一篇论文的诞生离不开word文档，每一次汇报离不开ppt，甚至无数的数据也都经过excel得来。学习了一段时间的R，慢慢感受着它的强大，而从学习到应用还是一段很漫长的路，而且是一段披荆斩棘的路。从学习敲代码到练习做项目，还是一条很长的路，而此刻的我感觉已经走了很漫长的一段平路要开始爬坡了。今天就来记录一下这两天一个数据筛选让我学习到的东西，以及为什么开始嫌弃office了。
不得不说，当我第一次拿到转录组差异基因大表时，筛选差异基因我还是用的excel，那时候还佩服excel的if判断挺实用，一句话可以筛一列，以前傻傻做加减号甚至目测晒数据的时代终于过去。学了一段时间R这次拿到新表，我决定用R试一试，不试不知道，一试就爱上了它，虽然这个爱来的也有些不容易。
接触了R也有几个月，不过也都是停留在练习讲义里的代码，照葫芦画瓢的做练习题上。真正要按自己的意愿去做东西时，还是发现无从下手，就像我们学了那么多年英语，遇到一个老外还发现自己不知道怎么张口一样。还好，这是一场开卷考试，不会的我们可以查讲义，问google（来了国外大多数时间我也已经放弃了度娘），还有随时不懂可以请教的小师妹和热心的群友，所以困难一下子小了很多。也在一个下午那小数据组织代码，旧数据测试，最后做自己的数据分析。可能这就是一个简单的生信学习分析路径吧。虽然解决的是很简单的问题，但是还是有那么一丝小小的成就感。
其实我做的事情很简单，就是提取了有注释的est，然后去除了几组TPM全为0的值，然后按一定条件筛选了差异基因，画了一个韦恩图。这一切，office完全可以搞定。比如可以通过excel利用排序和if判断，提取想要的信息和做筛选，这些我都手把手做过，韦恩图ppt画几个圈圈就可以搞定。如今接触了R之后，顿时觉得好嘲笑刚入学的自己，花了好几周傻乎乎的在那眼筛近万个EST，眼睛要瞎一不留神还出错从头来。所以当时师弟说的很有道理，学生信的人要懒一点才好，因为他们才不会愿意花大把的功夫做无聊的重复工作，总会想出办法解决来，那就是用最短的语言来解决重复的工作。如今R就做到了，所以有些时候勤奋是一方面，更多的时候还得用脑子。就像我花了一个下午的功夫，虽然也可以用来完成这个筛选的工作，但是我建立了一套方便自己使用的筛选代码，以后新数据来了只需要做简单的修改，直接点run就OK了，这种付出会觉得很值得。
因为有了excel和R的比较，我也发现了excel的一些问题，比如用以上两者我得到的结果有出入，于是我就在这些出入中找问题，最终发现excel处理的数据是有限的，E-310以上的数据它就工作不了了，而R完全不会有这个问题。作图R更是占优势，如果用ppt做韦恩图，花功夫又low不说，得到的图的质量也很有限。而R一行代码可输出各种格式的韦恩图，而且这行代码还可以反复使用。所以，尝到了甜头，更觉得自己应该好好学习下去。要知难而上，走过最坎坷的这段瓶颈期，期待未来的技术指数增长。