查看某些基因不同组织的表达量变化
2022-01-12 本文已影响0人
余绕
1.下载不同组织的数据
image.png
- 下载这些数据
#BSUB -J blast
#BSUB -n 10
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal
cd /public/home/qtxu/Data/RNA_seq_data/RNA_seq_from_various_tissues
prefetch SRR3968780 -O raw_data
prefetch SRR1618546 -O raw_data
prefetch SRR1178905 -O raw_data
prefetch SRR1178906 -O raw_data
prefetch SRR1618547 -O raw_data
prefetch SRR1618548 -O raw_data
prefetch SRR1618549 -O raw_data
- 把SRA文件重命名为相约组织，然后sra转化为FASTQ，这里以root为例子
#BSUB -J blast
#BSUB -n 10
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal
cd /public/home/qtxu/Data/RNA_seq_data/RNA_seq_from_various_tissues/raw_data/SRR3968780
fastq-dump Root.sra --split-3 --gzip -O ./
- map到水稻基因组，采用hisat2进行,同时把sam变成bam文件。：
#BSUB -J leaf
#BSUB -n 10
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal
cd /public/home/qtxu/Data/RNA_seq_data/RNA_seq_from_various_tissues/raw_data/SRR3968780
hisat2 -p 8 --dta -x /public/home/qtxu/Data/RNA_seq_data/HAG704_RNA-seq/HISAT/index -1 clean_Root_R1.fq.gz -2 clean_Root_R2.fq.gz -S root.sam
samtools sort -@ 8 -o root.bam root.sam
- 计算每个基因在不同组织中TPM值。
