突变基因相关性分析--MuSic

2022-03-17 本文已影响0人 11的雾

肿瘤的发生是多种不同功能基因协同突变作用的结果。虽然基因突变的发生具有很强的随机性，但经过克隆进化后最终发生肿瘤时，保留下来的突变基因组合应该具有一定的协同作用。同时，在不同亚克隆的特异突变基因具有一定的互斥作用。

通过突变基因互斥和协同性分析，可以分辨出协同性的突变基因及互斥性的突变基因。这些在不同亚克隆细胞中具有协同性的突变基因在功能上具有相似性，他们在肿瘤发生中具有重要的作用，可能包括驱动基因。而那些在不同亚克隆细胞中具有互斥性的突变基因在功能上具有特异性，可能包括与亚克隆特异性相关的重要基因。

基因的协同互斥性分析能够帮助识别肿瘤亚克隆特异性的突变基因，还可以帮助定义肿瘤亚型，并且能够揭示相似肿瘤产生的重要功能性体细胞突变，为定位驱动基因提供重要参考。

本分析利用MuSic分析软件来进行高频基因间（如果没有显著高频突变的基因，那么选取显著性前10的基因进行）相关性分析，以揭示高频突变基因在肿瘤形成过程中的作用，结果如下图所示：

图中蓝色表示协同关系，红色表示互斥关系，颜色的深浅表示相关性检验的p值的大小。颜色越深p值越小，其相关性的可信度就越大。P值大于0.5的标记为白色，暗示无任何相关性。

MuSic的安装：

在您的计算机上安装此站点上的软件之前，您必须首先运行以下命令。

此命令将我们的软件repository添加到您计算机上的包管理系统配置中。

你只需要运行这个命令一次，所以如果你已经在你的电脑上安装了这个网站的软件，你不需要再做这部分(尽管如果你这样做也不会有什么坏处)。

只需运行下面的命令将您的计算机配置为从此站点安装软件。

wget -q -O - https://apt.genome.wustl.edu/ubuntu/files/install.sh | sudo bash

没下载下来，安装失败！

安装genome music：

sudo genome install genome-music

链接库：

sudo apt-add-repository "deb http://apt.genome.wustl.edu/ubuntu lucid-genome main"

wget https://apt.genome.wustl.edu/ubuntu/files/genome-institute.asc

sudo apt-key add genome-institute.asc

sudo apt-get update

Install Genome MuSiC:

sudo apt-get install genome-music

使用：

genome music -h

参考：