cellchat总的来说不难。有几个问题要注意一下。安装报错 和 Seurat或SingleCellExperiment对象创建CellChat对象。

cellchat-与其他单细胞分析工具的接口 - 简书 (jianshu.com)

从Seurat V3对象中提取CellChat输入文件
可以从Seurat对象获得归一化的计数数据和细胞组信息，方法是：

data.input <- GetAssayData(seurat_object, assay = "RNA", slot = "data") # normalized data matrix
labels <- Idents(seurat_object)
meta <- data.frame(group = labels, row.names = names(labels)) # create a dataframe of the cell labels