融合基因调控预测可视化网站
写在前面
前两天我们介绍了两个和融合基因有关的数据库。其中涉及到融合基因的查找和功能预测。对于融合基因的功能的话方面。FusionGDB数据库主要是来分析发生融合基因之后，对于其本身功能的变化。但是对于融合基因的调控。这个数据库就没有多大的注释。所以就有了FGviewer(https://ccsmweb.uth.edu/FGviewer)这个数据库。所以今天我们就来介绍一下这个2020.05发表的数据库。
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数据库内置数据介绍
融合基因的收集
作者从dbVar和genomAD两个数据库来确定存在的融合基因内容。具体的数据库内容和每一个相关的文章。我们可以在Browse里面查看。
对于发表的具体文章，我们可以点击每一个链接来具体查看。
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融合基因相关调控的注释
这个数据库对于融合基因从DNA水平、mRNA水平再到蛋白水平的功能都进行了注释。其中功能的注释使用的也是其他的数据库来进行预测的。这里我们来就介绍一下这个数据库到底使用了什么数据库来进行注释
- 转录因子调控： 转录因子注释使用的是TRRUST2数据库。这个数据库是基于发表的文章收集到的转录因子调控信息。数据库具体的网址是：https://www.grnpedia.org/trrust/ .有兴趣的可以看一下。
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- miRNA调控: 作者使用TargetScan (release 7.2)来对基因的是否收到miRNA调控进行注释。作为经常使用的miRNA靶标预测的数据库。结果还是挺准确的。
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蛋白特征的注释：作者使用Uniprot这个经典的蛋白注释数据库来对蛋白特征进行注释。
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基因的致病性注释：通过ClinVar和DisGeNet这两个数据库来对基因的致病性进行注释。
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数据库使用
关于数据库的使用，我们在Search里面，通过数据两个两个两个融合基因的基因名就可以获得相关的结果。这个数据库支持多种输入方式。
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例如我们输入TMPRSS2-ERG。结果的呈现及通过图形来呈现的。我们在下图可以看到前面的融合基因和后面的融合基因，同时通过图片当中的两条线来代表两个基因在什么位置融合到一起。
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同时基于上述注释的数据库，分别的DNA、RNA、蛋白、致病性四个方面进行注释。我们可以点击不同的水平来定位的结果里面。
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- 在DNA水平的话，我们看到转录因子对于基因的调控情况。
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- 在mRNA水平方面，可以看到miRNA对于mRNA的调控情况
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- 蛋白方面，可以看到蛋白的特征
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- 在致病性方面，可以看到两个基因都和什么疾病有致病性
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另外，这个数据库主要还是来预测融合基因基因调控的变化，对于其基因特征的变化，可以通过FusionGDB来进行查看。而且这个数据库也提供了数据库的连接。
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数据库总结
以上就是这个数据库的基本使用情况。通过了解数据库的背景内置数据集我们就知道数据库的结果是怎么产生的了。另外关于融合基因查询结果的影响。这个数据库介绍的文献提供一个例子，可以当中研究融合基因的参考。这个有兴趣的可以去看一下。
想要查看数据库 文章的，可以点击阅读原文直达文章链接。
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