用MEME-CHIP预测转录因子的结合

如果你有一条序列或者多条序列，想知道有哪些转录因子可能结合在上面？前两天老板推荐我使用MEME-CHIP网站预测（我们实验室经常使用的），当然还有很多网站可以预测转录因子的结合。

MEME-CHIP的网站地址：http://meme-suite.org/tools/meme-chip

网站打开长这样：

这里你需要上传你的fasta文件：

然后选择你的DNA的物种以及想要查询的库（老板说一般不用选择物种，只选查询的库，这个随便了），我们实验室一般使用的库是“JASPAR vertebrates and Uniprobe mouse”,最后点击页面下方的“Start Search”：

然后会弹出来新的页面，显示你提交的job的一些细节：

过一小会儿，会自动刷新页面，显示你的job正在running，你可以在左边的那栏里面“Recent job”里看到你最近提交过的jobs，这里一共可以同时提交3个job，但是第3个job会在运行完第一个job后再运行:

这个job要运行一会儿，十几分钟到几小时不等，完全取决于你上传的序列的多少。

等运行结束后，顶端会显示你的job已经complete了，所有的结果被打包在Results里的第二项里“Gzipped Tar of all output”：

下载解压后，有很多个文件：

在这一堆文件里，最方便查看的是网页版的总结：

打开后，是这样的：

你可以点击红色框里的峰图，里面有一些详细的信息：

关于上面这些结果都是什么，这里有一篇很不错的文章：如何查看MEME-ChIP分析结果？，这里就不赘述了。